حذر الإتحاد النوعي للنقابات المستقله بوزارة المالية من مشروع بناء نظام معلومات الجمارك بأنه ليس مشروعا قوميا وإنما هو معونة أمريكية تقدر ب 10.5 مليون دولار لتمويل المشروع مقابل حصول أمريكا على جميع معلومات الجمارك لمدة 5 سنوات متواصلة، الأمر الذي يمثل خطرا على أمن وسرية البيانات الخاصة بالجمارك. أوضح إئتلاف رجال جمارك ضد الفساد في بيان لهم أن القرار رقم (1) لسنة 2013 والخاص ببناء نظام معلومات الجمارك يهدد أمن معلومات الجمارك وسرية بيانات الجمارك والخاصة بالمتعاملين والبضائع وكميات السلع الإستراتيجية التى يتم استيرادها وأهم الدول المصدرة الى مصرالى جانب معلومات هامة، منوهين أن الجمارك لن تتسلم أصل البرامج من الشركة المنفذه بعد نهاية مدة الخمس سنوات وبالتالى ستبقى دائما تحت سيطرة طرف أجنبى يدخل الى معلوماتها بحجة صيانة البرنامج أو التطبيقات. أضاف بيان الإئتلاف أنه تم عمل إختبار للمشروع من قبل بواسطة 55 مهندسا فى قطاع التكنولوجيا بالجمارك واستمر 9 ساعات كاملة ولم يحقق النجاح المطلوب، وتم إثبات هذا فى تقرير رسمى، لافتين الى تصريحات صحفية للواء عاطف الفقى، مستشار وزير المالية السابق لقطاع التكنولوجيا، تؤكد وجود أبواب خلفية للنظام فى ظل إتصاله بالإنترنت. أشاروا الى أنه كان يجب على المسئولين بالجمارك أن يدعموا نظام المعلومات الذى نفذه شباب قطاع التكنولوجيا بالمصلحة بأيدى و فكر و تنفيذ مصرى خالص وإن كان سيستغرق بعض الوقت لكى يكتمل ولكن يكفى فيه حفاظه التام على عوامل السرية و أمن المعلومات. جدير بالذكر محاولة الإتحاد الأوروبى الحصول على هذه المعلومات عن طريق تقديم معونة فى عام 2006 ولكن المشروع لم يكتمل لأسباب فنية ، ثم قامت إحدى الشركات الأجنبية بإبرام عقد لبناء مراكز لوجيستية تتيح لها الحصول على هذه المعلومات فى عام 2011 إلا أن هذا العقد لم ينفذ حتى الأن ، ثم فوجئ العاملين بالقطاع بموافقة محمد الصلحاوى المكلف بتسيير أعمال مصلحة الجمارك بتشكيل اللجنة المكلفة بإنهاء المشروع والسماح للجهه المانحة (أميركا) بإنشاء النظام الذى تريده. وشدد الإئتلاف على اتخاذ كل الطرق القانونية لإيقاف هذا المشروع.