أكد الدكتور محمد مرسي قبل انتخابه رئيسًا للجمهورية على أنه لن يقبل بتفوق احد الجانبين على الآخر في مشكلة جامعة النيل التى تحولت مبانيها في ظل حكومة احمد شفيق إلى "مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا" بينما اعتصم الطلاب منذ ايام في مقر المباني المتنازع عليها للمطالبة باستردادها ونقل مقر الجامعة من القرية الذكية إلى مباني الشيخ زايد ليواجهوا بلاغات تتهمهم بالاعتداء على مباني "مدينة زويل" وتأمر النيابة بإخلاء المباني لصالح مشروع زويل. وفي مواجهة بين طلاب الجامعة ومحبي مدينة زويل دافع طلاب النيل عن انفسهم بأن النزاع عليها استمر لما يقرب من 12 عامًا وتم تحويلها إلى جامعة اهلية تتساوى بالجامعات الحكومية بينما يرى محبو مدينة زويل أن المشروع التكنولوجي المزمع تنفيذه على ارض الجامعة يضع مصر في مكانة عالمية تتضائل امامها المشروعات الاخرى مستندين على قرار نيابة اكتوبر امس الاول بفض اعتصام طلاب النيل والتأكيد على تخصيص الارض لمشروع زويل. أكد الدكتور طارق خليل رئيس الجامعة على أن الوضع الحالي لن يحله سوى تدخل مباشر من رئيس الجمهورية لوقف النزاع القائم حاليًا مشددًا على أن تأجيل حل القضية يعطل الجامعة عن شراكاتها مع المؤسسات البحثية العالمية ويؤثر على حجم الابحاث ونسبة نجاح الباحثين في الجامعة. لفت إلى أن كافة الحلول العادية باءت بالفشل في مواجهة الازمة الحالية موضحًا أن الجامعة لجأت للقضاء برفع دعوتين لاسترداد اراضيها ولجأت للحوار مع د.احمد زويل صاحب مشروع مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا ولم تصل لحل نافع في ازمتها بالاضافة إلى تقديم طلبات إحاطة لمجلس الشعب المنحل. نوه على أن الاعتصام الحالي بمقر الجامعة هو حق مشروع للطلاب لحين التوصل إلى حل منطقي يسمح لهم بالعودة إلى استكمال ابحاثهم ودراستهم في مكان يليق بمستوى الابحاث المقدمة من الجامعة منوهًا على أن بعض القوى تربط بين جامعة النيل والنظام السابق. شدد على أن الكيان الحالي للجامعة بعيد عن كافة التيارات السياسية وغير مرتبط نهائيًا بنظام مبارك أو بأحمد نظيف رئيس الوزراء الاسبق الذي يربط البعض بينه وبين اسم الجامعة باعتباره اول من دعا لتأسيسها. و اوضح أن أحمد نظيف رئيس الوزراء الاسبق و المتهم باهدار المال العام في إنشاء مشروع الجامعة أنه كان واحداً من 55 آخرين ساهموا في إنشاءها متهماً من يحاولون اغلاق الجامعة لأنها اقتراح من نظيق بأنهم يروجون الشائعات دون التأكد من الحقائق. من جانبه أكد حازم عزت نائب رئيس الجامعة أن المقر الحالى للجامعة لن يصلح للاستمرار خاصةً مع توافد عدد كبير من العلماء المصريين في الخارج على الدراسة و تطوير الابحاث في الجامعة مشيراً الى ضرورة الفصل بين الجامعة كمؤسسة بحثية وبين الخلافات السياسية حول اى من مؤسسيها. جامعة النيل تكاليف الدراسة للساعة 1900 جنيه للبكالوريوس 3000 جنيه للماجيستير 60000 جنيه للفصل الدراسي مديونيات 3.5 مليون جنيه قيمة ايجار مستحق لصالح المصرية للاتصالات 5 مليون جنيه لصالح شركة راية القابضة اجراءات قانونية تقدمت الجامعة بدعوتين لاسترداد اراضيها منذ عدة اشهر تقدم بعض نواب مجلس الشعب المنحل 7 طلبات احاطة للبت في مصير الجامعة خاطبت الجامعة رؤساء الوزارة المتعاقبين منذ حكومة عصام شرف للبت في ملكية اراضيها مساحة اراضي الجامعة المتنازع عليها 127 فدان تم ضم مساحة إضافية 173 فدانا لكي يكون مساحة المشروع 300 فدانا اثناء حكومة عصام شرف