في أول رد فعل رسمي من أعلى مستوى للقيادة في جماعة الإخوان المسلمين تجاه أحداث بورسعيد الدموية، أكدت الجماعة على لسان مرشدها العام الدكتور محمد بديع أن المجلس العسكري ووزارة الداخلية ومحافظ بورسعيد ومجالس إدارات الأندية، مسئولة عن تلك الأحداث التي راح ضحيتها أكثر من 70 شخصا بينما أصيب مئات آخرون، وان ما حدث لا يمكن أن يمر بغير حساب. ودعا المرشد العام للإخوان في رسالة إلى الأمة صدرت بعد ظهر اليوم الجمعة وتلقت وكالة أنباء الشرق الأوسط نسخة منها" القوي الوطنية والسياسية جميعا لمؤتمر "من أجل مصر 6" للبحث في مستقبل مصر وكيفية الخروج بها من أزمتها الراهنة. وقال بديع في رسالته " أتوجه إليكم بالحديث وقلبي يعتصره الألم على أبنائنا الأحباء الذين قضوا في غير ميدان واستشهدوا في غير مواجهة، وأبدأ بالترحم عليهم ضارعا إلى المولى تبارك وتعالى أن يتغمدهم بواسع رحمته، كما أقدم أخلص التعازي لأهلهم وذويهم، وأقدم التعازي لنفسي ولكل فرد من الشعب المصري الكريم، وأرجو للمصابين شفاء عاجلا، وعافية كاملة". وأضاف:إن هذا الحدث الجلل لا يمكن أن يمر بغير حساب، لقد نزلت بنا كوارث عديدة في الفترة الأخيرة من المرحلة الانتقالية بدءا من أحداث ماسبيرو ثم أحداث شارع محمد محمود ثم أحداث مجلس الوزراء، ولم يحاسب أو يعاقب عليها أحد ولم يقتص للشهداء من قاتليهم، الأمر الذي أغرى بالمزيد، وبالأمس وقعت الكارثة الجديدة ومن هنا فلابد من تحديد المسئولين عنها ومحاسبتهم جنائيا وسياسيا بأسرع ما يمكن، وكذلك فإننا نكرر مطالبتنا بتحديد المسئولين عن الكوارث السابقة ومحاكمتهم فلا يمكن أن نقبل الاستمرار في التستر على جرائم القتل والانتهاك، والاستهانة بحق الحياة. وأوضح بديع إن ما حدث بالأمس يقطع بأن حالة الانفلات الأمني في البلاد بلغت ذروتها ووصلت إلى حد لا يطاق، " وأن الشرطة متقاعسة بصورة لا يمكن وصفها بالتقصير أو الإهمال وإنما يخشى معها أن يكون هناك من الضباط من يعاقبون الشعب على قيامه بثورته واسترداده لحريته وحقوقه، ومن ثم نرى ضرورة إعادة هيكلة وزارة الداخلية، وتطهيرها تطهيرا حقيقيا من كل أعداء الشعب وثورته، ومساءلة الوزير الحالي عن أحداث الأمس، كذلك لابد من إيجاد صورة مناسبة للمشاركة الشعبية الفاعلة مع الأجهزة المختصة لتوفير الأمن". وأشار إلى أهمية تفريق مسجوني سجن طره من رموز النظام البائد على سجون مصر كلها ومعاملتهم وفق لائحة السجون على قدم المساواة مع بقية المسجونين، ونقل الرئيس المخلوع إلى مستشفى السجن ومنع وسائل الاتصال عنهم حيث بات كل ذلك ضرورة حتمية للحفاظ على أمن مصر. وأضاف :" لا يمكن للنفوس أن تهدأ والأمن أن يستقر في ظل المحاكمات البطيئة لرموز النظام البائد، وبالتالي لابد من الإسراع في المحاكمات مع الحفاظ على العدل، وكذلك لا يمكن محاكمتهم على بعض الجرائم الجنائية فقط، وإنما لابد من محاكمة سياسية لكل من أفسدوا الحياة بكل جوانبها وأوصلوا مصر إلى هذا المستوى من التخلف والفقر والضعف". كما أشار المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين الدكتور محمد بديع في رسالته إلى الأمة اليوم الجمعة إلى انه "أصبح مما لا يخفى على أحد أن هناك من الأفراد والمجموعات من يتبنون نظريات هدم كل مؤسسات الدولة ويتلقون أموالا وتدريبات في الخارج على إثارة الفوضى والتخريب، وهؤلاء تعلمهم جهات الرقابة والتحقيق والمجلس العسكري ولديهم الأدلة والمستندات ومع ذلك يتم التسويف في إحالتهم للمحاكم خوفا من استفزازهم أو إغضاب أطراف خارجية".