شكا المتهمون في القضية المعروفة إعلاميًا ب "التخابر مع قطر" من عدم السماح لهم بدخول الحمام أثناء الاستراحة التي أقرتها المحكمة . وجاءت الشكوى فور معاودة المحكمة للانعقاد، حيث طالب أحد المتهمين الحديث للمحكمة وقال "عاوزين نروح الحمام "، ووجه القاضي أفراد تأمين المحكمة إلى جواز السماح للمتهمين بقضاء حاجتهم طالما كانت المحكمة غير منعقدة للاستراحة موجهًا إياهم بتلبية طلب المتهمين . وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها: ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على حريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، بهدف تغيير نظام الحكم بالقوة والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه.