هنأت حركة 6 أبريل ، الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية بفوزه برئاسة مصر، مؤكدة أن الحركة ستتعاون مع الرئيس المنتخب لمصر على تحقيق أهداف الثورة، وستضغط من أجل تسليم حقيقي للسلطة فى 30 يونيو الحالي. وأكدت الحركة رفضها التام لأي تحكم للعسكر فى السلطة استنادا للإعلان الدستوري الأخير أو مجلس الدفاع الوطني وكذلك رفض الضبطية القضائية ورفض حل مجلس الشعب المنتخب بإرادة شعبية. وأوضحت الحركة فى بيان لها أصدرته اليوم الإثنين أن هذا اليوم هو أهم يوم في تاريخ الشعب المصري، بعد انتخاب أول رئيس مدني لمصر لا ينتمي للمؤسسة العسكرية، مشيرة إلى أن الحركة ستساند الرئيس المنتخب فى أى مشروعات تنموية وإصلاحية وأي مشروعات قومية للنهضة، كما ستكون المراقب والضامن لعدم الخروج عن المسار. وشدد البيان أنه على الرئيس المنتخب؛ البدء العملي فى تنفيذ تعهداته للشعب المصري الخاصة بتشكيل الفريق الرئاسى وتشكيل الحكومة الائتلافية، مطالبا بضرورة التأكيد العملي على عدم المساس بالحريات العامة, وكذلك المساواة بين كل المصريين أمام القانون سواء كان الجنس أو الدين أو اللون. وأضاف البيان أن الحرب لا تزال قائمة ضد النظام القديم ورجاله الذين يتوقع منهم أن يحاولوا تعطيل إعادة بناء مصر, وأننا لا نزال نحتاج لمجهود ضخم من أجل استكمال إسقاط النظام القديم ومن أجل تطهير وإصلاح أجهزة الدولة المختلفة وإصلاح المنظومة الإدارية فى مصر، موضحين أن هذا ما يدعو للتكاتف سويا واستمرار الجبهة الوطنية من أجل مصر.