تعرض مشروع المتحف القومي للحضارة المصرية للتوقف نتيجة نقص التمويل المالي لاستكمال المرحلة الثالثة للمشروع . استغاث المجلس الأعلي للآثار بالدكتوركمال الجنزوري رئيس الوزراء والدكتورة فايزة ابو النجا وزيرة التخطيط والتعاون الدولي لاستكمال إجراءات المنحة الدولية التي كانت مقررة للمتحف لاستكمال المرحلة المذكورة ..تقدر المنحة ب53 مليون دولار أمريكي . وأكد العاملون بالمتحف انه تم انفاق 550 مليون جنيه علي المشروع من بداية تنفيذه عام 2002 تسبب نقص التمويل في تعطيل العمل بالمشروع وتعرضه لإهدار ماتم إنفاقه من أموال . وقال مصدر مسئول بالمتحف إن المشروع كان يعتمد علي تمويل صندوق إنقاذ آثار النوبة وقطاع التمويل بالمجلس الاعلي للآثار إلا أن حجم التمويل الحالي لايكفي لاستكمال المرحلة الثالثة للمشروع.