لجأت القوات المسلحة فى تأمين خروج تابوت البابا شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الى حيلة أمنية لإبعاد انظار المحتشدين عن السيارة التى تقل جثمان البابا. حيث خرجت سيارة الاسعاف التى تقل جثمان البابا ثم تبعها مدرعة للجيش مرسوم عليها الهلال الاحمر، وقام العشرات من جنود الامن المركزى بعمل طوق امنى حول المدرعة التى التف حولها الالاف من الاقباط اعتقادا منهم ان جثمان البابا تقله المدرعة حيث تحركت المدرعة بسرعة بطيئة وسط التفاف الالاف وراءها . وكانت الكاتدرائية المرقسية بالعباسية شهدت الانتهاء من الصلاة على جثمان البابا شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ونقله إلى السيارة التى تقله من الكاتدرائية إلى مطار ألماظة ومنه إلى وادى النطرون، حيث مكان دفنه بدير الأنبا بيشوى. وقد ودع الحاضرون جثمان البابا بالدموع والهتاف "بنحبك يا بابا بنحبك"، كما تزاحم المئات حول نعش البابا محاولين لمسة للمرة الأخيرة. وكان أول من خرج من الوفود المشاركة فى قداس الجنازة عبد الله غراب وعمرو موسى وأعضاء المجلس العسكرى والسيد البدوى رئيس حزب الوفد وفؤاد بدراوى وبعض سفراء الدول العربية والأجنبية ثم خروج الأساقفة. وتم إغلاق الجزيرة الوسطى بشارع رمسيس المؤدى للكاتدرائية ومنع المارة من السير بدءا من الكاتدرائية حتى العباسية وسط استعدادات أمنية مكثفة من الأمن المركزى ووصلت سيارات إطفاء تابعة للقوات المسلحة. بالإضافة إلى تواجد أمنى مكثف بمحيط الكاتدرائية، فيما رفع المشاركون لافتات مكتوبا عليها "الأسد المرقسى" بينما اعتلى أفراد الكشافة أسوار الكاتدرائية والمبانى المحيطة بها والأشجار.