استولت مافيا الأراضى على قرابة «80» مليون متر مربع من أراضى السكة الحديد والتى تقدر ب«200» مليون متر مربع فى مختلف المحافظات. وتقدر قيمة الأراضى المهدرة والخاصة بالسكة الحديد ب«150 مليار جنيه»، وأمام عجز هيئة السكك الحديد عن استرداد أراضيها أو استثمارها بشكل جديد، قررت إنشاء شركة المصرية لمشروعات السكة الحديد والنقل بهدف استغلال تلك الأراضى واستثمارها لتخصص العوائد لتطوير سكك حديد مصر، إلا أن الشركة الجديدة فشلت في استثمار الأراضى وتسجيلها كما باءت جميع محاولاتها بالتنسيق مع الجهات الحكومية الأخرى فى تسجيل الأراضى بالفشل. ولم تنجح الشركة حتى الآن فى إعادة استغلال أى من أراضى السكك الحديدية باستثناء إنشاء عدد من المبانى السكنية، وطرح محال تجارية على القطاع الخاص فى محطة مصر بالقاهرة بعد تطويرها. وتتوزع أراضى السكة الحديد على مختلف المحافظات، وتقع أغلبها فى مواقع مميزة، وحدد القرار الجمهورى أراضى السكة الحديد بشكل دقيق مدعما بالمساحات والخرائط المساحية. حيث تملك فى منطقة القاهرة وحدها «48.26» مليون متر مربع، وتملك فى منطقة وسط الدلتا بطنطا «15» مليون متر مربع و«42.88» مليون متر مربع بمنطقة غرب الدلتا بالإسكندرية، و«26.72» مليون متر بالمنطقة شرق الدلتا بالزقازيق، كما تملك السكة الحديد «13» مليون متر بالمنطقة الوسطى بأسيوط، وتملك «37.8» مليون متر بالمنطقة الجنوبية بأسوان.