نشبت أزمة بالموانئ بسبب رفض مصلحة الجمارك الاعتراف بالفواتير المصاحبة للسلع على الرغم من توثيقها بالسفارات المصرية بالخارج. كانت وزارة المالية قامت بتعديلات على المادتين 22 و23 من قانون الجمارك لتتواءم مع المادة 7 من اتفاقية «الجات» والتى ألزمت مسئوليها بالموانئ بالاعتداد بفواتير تم توثيقها، وقامت الجمارك بتعميم قرار تحسين السعر أو ما يعرف بالسعر الحكمى على جميع الشحنات الواردة للموانئ رغم أنه من المفترض أن تحتفظ الموانئ بأسعار استرشادية لأسعار السلع المتداولة فى الأسواق العالمية. من جانبه أكد أحمد صقر سكرتير غرفة الإسكندرية التجارية أن المستوردين سيضطرون لزيادة السعر فى حالة استمرار الجمارك فى تعنتها مما يؤثر على الأسعار النهائية للمستهلكين. كما أشار إلى استمرار مشكلة زيادة الوزن للمجمدات، حيث تصر الجمارك على إلزام الشركات المستوردة بإعادة الفواتير للمورد بدعوى زيادة الوزن فى المجمدات على الوزن المدون فى الفاتورة، على الرغم من إدراك المسئولين أن الزيادة ناجمة عن التبريد فى السفن لحفظ المجمدات. وعلى الجانب الآخر شهدت الموانئ تكدساً كبيراً لشحنات دواجن قامت الشركة القابضة للصناعات الغذائية باستيرادها من الخارج تجاوزت 50 ألف طن من إجمالى كميات تعاقدت عليها قد تصل إلى 150 ألف طن، وتم طرحها بالمجمعات بأسعار تتراوح ما بين 28 و35 جنيهاً، وهو الأمر الذى اضطر الشركات المستوردة من القطاع الخاص لحفظ الكميات المتعاقد عليها.