كعادتها مثيرة للجدل، دائمًا تصريحاتها تصدم الكثيرين من منطلق تنافرها مع تقاليد وعادات المجتمع التى اعتادوا عليها، ومنها تأكيدها أن الحجاب والنقاب من العبودية، وأنهما ضد الأخلاق والدين، وأن كل نظام سياسى يفسر الدين كما يشاء، وإن كان رأيها هذا يتفق ويتماشى مع رؤية بعض السياسيين بشأن النقاب، إلا أنها تجاوزتهم بمراحل، وفى أحدث تصريح لها قالت الدكتورة نوال السعداوى إنه لابد من فصل الدين عن الدولة، فعندما ذهبت إلى كازاخستان وجدت أنهم لا يدرسون الدين للأطفال، مضيفة أن الدين القائم على الوراثة دون تفكير باطل. وأوضحت «السعداوى»، فى ندوتها أنه يجب علينا تدريس جميع الأديان للأطفال فى البيوت وليس فى المدارس، ومن الممكن تدريس الفلسفة بدلا من الدين، حيث إن الفلسفة تساعد على فهم العالم، مضيفة أن التعصب الدينى حدث خطير. وأشارت «السعداوى» إلى أننا نردد الأحاديث الدينية مثل الببغاء دون فهم وفكر، مضيفة أن أكثر من ينضمون إلى داعش هم خريجو كلية الطب، لأنهم يدرسون تشريح جسد الإنسان دون دراسة الفلسفة لذلك يصبحون جهلة. وأكدت نوال السعداوى، أن التعليم متخلف جدًا، لأنه رأسمالى وطبقى حتى فى أمريكا، والنظام الأمريكى سينهار على يد ترامب! وأضافت إن الدين نزل لصالح البشرية، وأن والدها وهو رجل أزهري علمها ألا تؤمن بشىء لا يدخل عقلها. ومن جهته رفض عمرو حمروش أمين سر اللجنة الدينية بمجلس النواب مقترح الدكتورة نوال السعداوي بتدريس مادة الفلسفة بدلًا من التربية الدينية فى المدارس «الاقتراح مرفوض شكلًا وموضوعًا ولا يمكن القبول به.. فتدريس التربية الدينية الإسلامية أو المسيحية فى المدارس يغرس القيم والأخلاق لدى الأطفال وكذلك العادات والصفات النبيلة». وأوضح حمروش فى تصريحات صحفية أن الأديان السماوية كلها تحض على الفضيلة والسماحة وتدريسها بالمدارس أمر حيوى وضرورى، لذا فإن هذا الاقتراح مرفوض تمام. وتساءلت الدكتورة نوال السعداوى، خلال ندوتها فى معرض القاهرة الدولى للكتاب: لماذا يتحدثون عن الحريات، ومنها حرية العقيدة وحرية الفكر، ولا يتحدثون عن حرية المرأة، على الرغم من أن الرجل لديه فوضى أخلاقية وجنسية، وغالبا البنت البريئة التى أحبت بصدق يكون مصيرها إما القتل أو الاضطهاد؟، مضيفة أنه منطق معوج يعطى الرجل كل شىء ويحرم المرأة من حريتها. ولفتت نوال السعداوى، إلى أننا فى حاجة شديدة لتغير القانون والأخلاق، فى ظل مناداة الحكومة بتجديد الفكر، فلهذا يجب على الشباب انتهاز هذه الفرصة. وأوضحت نوال السعداوى، أن المهم هو الوقوف بجانب المرأة، فالأب الذى يتنازل عن الاعتراف بابنه لابد أن ينسب إلى أمه ويأخذ الطفل كافة حقوقه مثله مثل الطفل الذى يأخذ اسم والده، فمن حق الطفل الذى ينسب إلى أمه أن يذهب إلى المدارس ويحصل على حقوقه كاملة.