8 يوليو 2012 ألغى الرئيس المعزول القرار الجمهورى بحل مجلس الشعب، إثر حكم للدستورية العليا ببطلان «قانون الثلث المخصص للمقاعد الفردية»، لخدمة جماعة الإخوان المنتمى إليها لان الحزب الاخوانى «الحرية والعدالة» كانت له الأغلبية بنسبة 40%، فى هذا المجلس 9 يوليو تتصدى المحكمة الدستورية للرئيس المعزول وتقوم بإلغاء القرار الرئاسى. 19 يوليو 2012 أصدر الرئيس المعزول قرارًا بالعفو عن 572 مسجونًا مدنيًا الصادر ضدهم أحكام من القضاء العسكرى. 30 يوليو 2012، أصدر عفوًا رئاسيًا ل26 من السجناء الإسلاميين منهم قيادات بجماعة الإخوان والجهاد. 11 أكتوبر 2012 إقالة غير معلنة للنائب العام المستشار عبدالمجيد محمود وصدور قرار تعيينه سفيراً للفاتيكان مما أثار غضب واحتجاج القضاة، خاصة بعد تصريح النائب العام بأنه لم يستقل من منصبه كنائب عام وأنه تلقى تهديدات ويعلن تمسكه بمنصبه. 13 أكتوبر 2012: الرئاسة تتراجع عن قرارها.. والمستشار محمود مكى نائب رئيس الجمهورية يؤكد أن المستشار عبدالمجيد محمود النائب العام باق فى منصبه وعدم صدور قرار من الرئاسة بإقالته، وأن له مطلق الحرية فى قبول أو رفض منصب «السفير». 21 نوفمبر 2012 إصدار الرئيس المعزول الإعلان الدستورى المخالف لكافة الاعراف القوانين والدساتير الدولية وتضمن عزل النائب العام المستشار عبدالمجيد محمود أعقبه صدور قرار جمهورى بتعيين المستشار طلعت إبراهيم عبدالله نائبا عاماً، وأدى اليمين القانونية فى ذات اليوم. بالاضافة لتحصين قرارته الرئاسية من الرقابة السابقة واللاحقة لحين انتخاب مجلس شعب جديد 2 ديسمبر 2012، تم تعليق جلسات المحكمة الدستورية ومنع قضاتها من الدخول إليها بمحاصرة المحكمة ومنعها بالقوة من إصدار أية احكام 9 ديسمبر 2012 ألغى مرسى الإعلان الدستورى الصادر فى 22 نوفمبر، مع الإبقاء على ما ترتب عليه من أحداث وأهمها عزل المستشار عبدالمجيد محمود الإبقاء على المستشار طلعت عبدالله نائباً عاماً وهو ما وصفه القضاة بأنه غير شرعى ليقيم محمود دعوى قضائية لعودته لمنصبه ويناضل القضاة بكافة الطرق المشروعة للوصول لهذا الهدف. مايو 2013 أعدت الجماعة مشروع قانون لتعديل «قانون السلطة القضائية» ليناقش داخل مجلس الشورى، ينص على خفض سن تقاعد القضاة من 70 سنة إلى 65مما يترتب عليه عزل قرابة 3500 قاض من وظائفهم القضائية فى محاولة لفتح تعيينات جديدة لقانونيين تابعين لجماعتهم المحظورة. بالإضافة إلى تعيين رؤساء للهيئات القضائية والنائب العام من التابعين للجماعة أو الموالين لها، ثم بلغ الصدام ذروته حينما تناول مرسى فى احد خطاباته وذكر قاضيًا بالاسم مدعيًا عليه بغير الحقيقة فى واقعة تزوير الانتخابات.