وسط أحداث سياسية واجتماعية متلاحقة تمر بها مصر؛ ظهرت مشكلة جامعة النيل مع مدينة زويل ثم تتقلص الأضواء عنها ولا نعلم إذا ما تم حلها أم لا ، ثم تمر فترة لنجد المشكلة تطل علينا برأسها من جديد، ثم تخفت الأضواء عنها دون حل وهكذا الأمر إلى يومنا الحالي ، إلا أن الملاحظ أن الكثير منا لا يعلم طبيعة المشكلة أو جذورها و لمن لا يعرف مشكلة الاشتباك بين جامعة النيل ومدينة زويل العلمية .. كيف بدأت وإلى ماذا انتهت .. كان التقرير التالي والذي يلخص الأمر. في عام 2000 وضع د.أحمد زويل مع رئيس الوزراء الأسبق د.عاطف عبيد حجر الأساس في مدينة الشيخ زايد في رقعة من الصحراء مساحتها 500 فدان لعمل مشروع بمساحة 300 فدان ، ولم يكمل د.زويل إجراءات التخصيص لأسباب ما لكي يثبت حدود مدينة زويل وتوقف المشروع حتى عام 2011. وقامت وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات في عام 2003 بشراء قطعة أرض إجمالي مساحتها 127 فدان ومجاورة لأرض مشروع زويل في نفس الرقعة 500 فدان في مدينة الشيخ زايد ، وكان رئيس الوزراء في ذلك الوقت د.عاطف عبيد ووزير الاتصالات د.أحمد نظيف قد أعدا خطة لدعم قطاع الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات بكوادر قادرة على تطوير وزيادة الميزة التنافسية المحلية والدولية للخريجين في مصر للنهوض بتكنولوجيا المعلومات مثل الهند والصين وغيرهم وربط البحث العلمي بالصناعة فصدر قرار في عام 2006 بإنشاء جامعة النيل كأول جامعة بحثية مصرية خاصة لا تهدف للربح وتملكها جمعية أهلية ذات نفع عام باسم المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي وذلك بالتعاون مع وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات (مالك الأرض) وتم بالفعل البدء في بنائها في نفس العام على مساحة 127 فدان في الشيخ زايد ، وبدأت جامعة النيل في مقر مؤقت في القرية الذكية في 2007. ومن عام 2006 وحتى عام 2011 قامت وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات بالتعاون مع جامعة النيل في تخطيط وإنشاء مباني جامعة النيل وقامت المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي بالتبرع لتشطيب وفرش وتجهيز المدرجات والمعامل والمكاتب والورش ، وبدأت جامعة النيل بالفعل في استلام المشروع ومن أشهر الأحداث في يونيو 2010 حفل تخريج دفعة 107 طالب ماجيستير من جامعة النيل بحضور وزراء وأفراد من الدولة وأولياء أمور وأفراد من المجتمع المدني. وفي يناير وفبراير 2011 وافق المجلس الأعلى للجامعات على تحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية في 20 يناير 2011 ولكن بعد الثورة اجتمع د.زويل وفايزة أبوالنجا وزيرة التعاون الدولي والبحث العلمي في ذلك الوقت ورئيس الوزراء في ذلك الوقت أيضا أحمد شفيق في منزله وقرر شفيق بعد اللقاء أن يسحب تخصيص أراضي ومباني جامعة النيل لصالح مشروع زويل وبالفعل تم تهديد رئيس مجلس أمناء جامعة النيل للتنازل بشكل غير قانوني وقد تم بحجة تعديل الأوضاع لجامعة أهلية . وفي مايو 2011 أعلن د.عصام شرف رئيس الوزراء عن إطلاق مشروع مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا على أراضي جامعة النيل (127 فدان) وفي مبانيها وتم ضم مساحة إضافية 173 فدان لتصبح مساحة المشروع 300 فدان علما بأن هناك أرض مجاورة صحراء بديلة لدى الدولة تبلغ 120 فدان مان من الممكن أن تخصص لمشروع زويل بدلا من 127 فدان الخاصة بجامعة النيل . وهناك حاليا دعوتان أمام القضاء الإداري تطالب ببطلان نزع أرض جامعة النيل لصالح مدينة زويل ولم تنته بحكم حتى الآن ، وقد تقدم كثير من أعضاء مجلس الشعب السابق بطلبات إحاطة لطلب رجوع جامعة النيل لمقرها وأرضها ولم يتخذ في الموضوع قرار.