ذكر التقرير السنوي الصادر عن المنظمة الامريكية للدفاع عن حقوق الانسان "فريدوم هاوس" إن الحكومة المصرية تنتهك الحقوق المدنية والسياسية لمواطنيها بصورة منتظمة، بما في ذلك حرية التجمع وتكوين جمعيات، وحق المشاركة في العملية السياسية ترشيحاً وانتخابا، إضافة إلي شيوع التعذيب والاعتقالات التعسفية. وقالت "فريدم هاوس" في تقريرها تحت عنوان "دول في مفترق الطرق 2007" والذى تضمن نتائج دراسة اجريت في 30 دولة تتمتع باهمية سياسية كبيرة ، أن الحكومة المصرية تستخدم الأجهزة الأمنية إلي جانب عمليات تشريعية وقضائية، خاصة قانون الطوارئ والمحاكم العسكرية - كأدوات لمنع تطبيق حقوق الإنسان وتقليصها، وأن هذه الأدوات ضمنت حكم الزعماء الثلاثة لفترات طويلة". وأشارت المنظمة إلي أن غضب الرؤساء الثلاثة انصب علي جماعة الإخوان المسلمين، التي تأسست عام 1928، وأن هذه الجماعة التي لا تنتهج العنف والجماعات الإسلامية المتشددة وما يشتبه بأنهم مؤيدون لها، كانوا أهدافا لقمع النظام، خاصة في أعقاب الهجمات العنيفة التي استؤنفت في مصر عام 2002. وقال التقرير : مصر تراجعت في مجال المساءلة والتعبير عن الرأي، حيث حصلت علي تقدير 1.88 من 7 هذا العام بدلا من 2.31 عام 2005، وحصلت قوانين مساءلة الانتخابات ونزاهتها علي 1.25 وكفاءة الحكومة وخضوعها للمساءلة 2.25%، وإشراك المجتمع المدني 2، واستقلال وسائل الإعلام وحرية التعبير 75،1. وفي مجال الحريات المدنية حصلت مصر علي 2 من 7 هذا العام، وقالت المنظمة المنظمة إن حوادث التعذيب شائعة لضعف الضوابط القانونية وندرة التبعات، مشيرة إلي حادثة عماد الكبير وقالت المنظمة إن هناك تمييزاً ضد الأقباط في مصر وإن كان لا يعبر عن مؤامرة منظمة من المسلمين أو الدولة، كما أن البدو عانوا كثيراً نتيجة الاشتباه فيهم وأسيئت معاملتهم خلال حملة الدولة علي الإرهاب. وفي مجال حكم القانون، حصلت مصر علي 2.65 هذا العام، وقالت يوجد في مصر قضاء يتمتع باحترام دولي ومدرب تدريبا جيدا ويعتبره البعض نموذجا إقليميا، ورغم أن الدستور يكفل استقلاله فإن هذا لا يحترم دائما عند التطبيق. وتعد "فريدم هاوس" من أهم هذه المؤسسات الامريكية التى كرست جهودها لتنمية ومساعدة المؤسسات الحرة في مختلف أنحاء العالم وتسعى الى مساندة الديمقراطية وإنشاء مؤسسات الديمقراطية علي مستوى العالم والدفاع عن سيادة القانون وتشجيع مساءلة الحكومات من قبل مواطنيها بالاضافة الى تشجيع حرية التعبير والاعتقاد واحترام حقوق الأقليات والنساء.