تقدم عدد من نواب جماعة الإخوان المسلمين وآخرين مستقلين ومن أحزاب المعارضة في مجلس الشعب المصري بطلبات استجواب لرئيس الوزراء الدكتور أحمد نظيف، باعتباره المسئول عن الأزهر الشريف، ووزير التربية والتعليم الدكتور يسري الجمل، وتصف هذه الاستجوابات قرارات سابقة اتخذتها مشيخة الأزهر بأنها "مقدمة لإلغاء دور الأزهر الشريف"، و"استجابة لمطالب أمريكية بإلغاء التعليم الأزهري في مصر"، وهو ما اعتبره الأزهر بمثابة "اتهامات باطلة". من هذه الاستجوابات ما تقدم به النائب علي لبن أحد أعضاء الكتلة البرلمانية للإخوان المسلمين، والذي عمل في السابق كموجه عام للمواد الفلسفية والتربية بالمعاهد الأزهرية، وركز في استجوابه على "إلغاء" تدريس كتاب "الفقه المذهبي" في مراحل التعليم الإعدادي والثانوي بالأزهر، و"الاكتفاء" بتدريس كتاب "الفقه الميسر" لشيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي. كذلك ركز لبن والنائب الإخواني إبراهيم الجعفري في طلب استجواب آخر لوزير التعليم، على ما وصفاه ب"قصور التعليم الديني في مصر"، و"تقليص مناهج الأزهر الشريف وإلغاء عددٍ منها، في سابقة تعد الأولى من نوعها على مستوى العالم الإسلامي"، بحسب طلبهما. وكان لبن قد قدم دراسة للبرلمان عام 2002، استعرض فيها ما وصفته الدراسة ب"خطورة ما يحدث للأزهر"، موضحة أنه "تم تقليص مناهج التعليم الديني في الأزهر، بحذف 80% من حصص القرآن الكريم التي كانت مقررة في مرحلة التعليم الابتدائي الأزهري خلال العام الدراسي 1988- 1989م"، وقت إعداد الدراسة. الاتهام الأخطر جاء في طلب استجواب تقدم به النائبان عن جماعة الإخوان، علم الدين السخاوي، ومحسن راضي، لرئيس مجلس الوزراء؛ حيث قالا في طلبهما إن الحكومة "تستجيب لأجندة أمريكية تريد القضاء على التعليم الأزهري". واستنكر النائبان القرار الذي تعكف الحكومة حاليا على دراسته، وينص على فصل الكليات العملية عن الشرعية في جامعة الأزهر، وما وصفوه ب"انعدام الرقابة داخل الجامعة"، والتي أدت إلى إهدار نحو 120 مليون جنيه (نحو 21.8 مليون دولار)، وفقا للاستجواب. ولم يقتصر تقديم طلبات الاستجواب في هذا الملف على نواب الإخوان فقط، أكبر كتلة برلمانية معارضة، بل امتدت لتشمل عددا من النواب المستقلين والمعارضين؛ إذ اتهم النائبان مصطفى بكري، ومحمد العمدة، د. نظيف ب"العمل على تقليص دور الأزهر". وجاء في طلب الاستجواب أن الحكومة "تتعمد ذلك" بتقليص ميزانية إنشاء معاهد أزهرية جديدة، والسعي لتعديل قانون الأزهر رقم 103 لعام 1961؛ بحيث يتم فصل الكليات العملية عن الأدبية في جامعة الأزهر، وتأسيس فرع خاص أو منفصل للكليات الأدبية، تكون مملوكة للجامعة الأم. وقال النائب العمدة: "تقدمت بطلب استجواب عاجل بشأن تقليص ميزانية إنشاء معاهد الأزهر، وسحب جميع الأراضي المخصصة للإنشاءات الأزهرية لتحول للتعليم العام". فيما قال بكري إن الخطط والقرارات الحكومية "تدخل ضمن خطة للحد من أعداد طلاب الأزهر، وإلغاء المناهج الدينية، والقضاء على رسالة الأزهر ودوره في العالم الإسلامي"، بحسب قوله.