كشفت نتيجة مراجعة وزارة الداخلية لاسماء المتهمين الذين أصدر الرئيس المعزول قرارات عفو بحقهم عن وجود عدد من قيادات التنظيم الدولي لجماعة الإخوان المسلمين على رأسهم يوسف ندا (رجل أعمال) والمهندس علي غالب محمود همت وإبراهيم الزيات (رجل أعمال)و والداعية فتحي الخولي ، و الداعية د. توفيق الواعي . تبين أن محمد مرسي أصدر 8 قرارات عفو رئاسى، خلال عام، ضمت ما يقرب من 2500 محكوم عليه، وجميعها صدرت بالأسماء، ومنهم أعضاء بالتنظيم الدولى صادرة ضدهم أحكام غيابية، مشيرة إلى أن الوزارة تجرى تحريات، منذ فترة، حول عدد ممن شملتهم قرارات العفو الرئاسى، وهم عناصر إرهابية محكوم عليهم بالإعدام، بالإضافة إلى تجار سلاح ومخدرات؛ لكشف مدى تورطهم فى أحداث سيناء وما بعد فض اعتصامى «رابعة والنهضة» وغيرها من أعمال العنف التى اندلعت فى ربوع البلاد، فى أعقاب ثورة 30 يونيو.