رفضت حركة "6 أبريل" قرار ترشيح الدكتور مصطفى الفقي كأمين عام لجامعة الدول العربية، نظرًا لارتباط الفقي بالنظام السابق، مؤكدة أن تاريخه لا يؤهله لأي منصب سياسي، في الوقت الذي رحب فيه المجلس المصري للشئون الخارجية بقرار الترشيح، داعيًا الدول العربية إلى تأييده. وقال بيان للمجلس اليوم: إن القرار يجيء متسقا مع التقليد الذي اتبع منذ إنشاء جامعة الدول العربية بأن يكون الأمين العام مصريًّا باعتبار مكانة مصر العربية وأنها دولة المقر، كما يجئ متسقا مع تاريخ الفقي كمفكر قومي له إسهاماته الفكرية حول القضايا العربية والعلاقات العربية العربية وعلاقات العرب مع العالم ولمساهماته فى العمل العربى الرسمي والبرلماني كمساعد لوزير الخارجية للشئون العربية ومندوب مصر الدائم لدى الجامعة العربية وكنائب للبرلمان العربي. من جهتها انتقدت حركة "6 أبريل" القرار، نظرًا لارتباط الفقي بالنظام السابق، وقالت في بيان لها: " لا نقبل أبدًا من حكومة تمثل الثوار والثورة وشرعيتها أن ترشح شخصية عاشت ورضيت وخدمت في نظام الفساد والفشل على مدى أعوام ليمثل مصر كأمين عام لجامعة الدول العربية، وسعى فى سبيل تجميل وجهه القبيح والدفاع عنه والتسويق له سياسيا وإعلاميا وثقافيا". وأضاف البيان: "نعلن رفضنا التام لذلك الترشيح وندعو حكومة عصام شرف والمجلس العسكري إلى إعادة النظر فيه؛ لما فيه من دلالات سلبية عن أدوار مستقبليه للفاسدين والفاشلين من أعضاء الحزب البائد والنظام المخلوع في شئون البلد". واعتبر البيان أن"تاريخ مصطفى الفقي غير مشرف، وهو ما يجعله غير صالح لتقلد أي منصب سياسي داخل أي حكومة مصرية، مشيرًا إلى أنه قد عمل سكرتيرا للرئيس المصري المخلوع محمد حسني مبارك حتى عام 92 وخرج من خدمته في الديوان الرئاسي بفضيحة سياسية هزت الكيان السياسي حينها (فضيحة لوسي أرتين) نجد أنه بشهادة المستشارة نهي الزيني الثابتة نجح بالتزوير أيضًا في انتخابات مجلس الشعب لعام 2005 أمام النائب جمال حشمت، وذلك وحده يجعل سيرته الذاتية غير مؤهلة لطرحه كمرشح ممثل لمصر على منصب أمين جامعة الدول العربية".