أدانت الجماعة الإسلامية الاعتداءات الطائفية المتبادلة بين المسلمين والمسحيين في مصر. وقالت في بيان لها : لا يجوز الاعتداء علي أي ممتلكات أو أرواح أو كنائس المسيحيين. وطالبت الجماعة الإسلامية الكنيسة الأرثوذكسية بعدم الوقوف في وجه حرية الاعتقاد لرعاياها، وأن تترك لكل من تحولن إلي الإسلام حرية التعبير واختيارهن العقيدة أمام الجهات الرسمية والإعلامية المحايدة؛ وذلك بعد قضاء فترة من الحياة الطبيعية بعيداً عن أي ضغوط كنسية. وطالبت الجماعة في بيانها المسلمين بالاتجاه إلي الجهات الرسمية للتأكد من حقيقة احتجاز أي فتاة تحولت للإسلام داخل أي كنيسة أو دير. ودعت الجماعة الإسلامية المجلس الأعلى للقوات المسلحة إلي تطبيق القانون بصورة عاجلة وعادلة علي كافة المتورطين في تلك الفتنة التي يوقظها بعض المسيحيين من أقباط المهجر، والذين يدعون إلي استجلاب الحماية الدولية علي مصر، ويؤججها بعض المتطرفين من المسيحيين الذين يتظاهرون أمام السفارة الأمريكية للمطالبة بالتدخل الأمريكي.