طلت أزمة الدير المنحوت، برأسها من جديد عقب خلاف حاد نشب بين الكنيسة ورهبان الدير، لرغبة الأخير في الحفاظ على ملكيته، الأمر الذي اعتبره الرهبان وقوف الكنيسة لجانب السلطة التنفيذية ليقطع الرهبان الطريق الإقليمي الذي تسعى الدولة لإقامته. ترصد "المصريون" مراحل الخلاف التي شهدها الدير المنحوت: "دير الأنبا مكاريوس" أو "الدير المنحوت"، وصفه البعض بأنه منحوت في الجبل، حيث بدأت الأزمة 1998 مع بدأ الدير في الاستيلاء علي أراضي المحمية الممنوع البناء عليها وفقا للقانون وضمها للدير، وفي أعقاب الثورة توسعوا بشكل رهيب في الاستيلاء علي الأراضي التي تقدر ب35 كم مربع، كما قاموا ببناء سور حولها يبلغ طوله 4 كيلو مترات وارتفاعه متر ونصف كما ترددت المعلومات وقتها. وتباينت الأقاويل حول هذا الدير حيث قيل أن المجموعة التابعة للدير المنحوت قامت بوضع يدها على 13 ألف فدان، وتم الاتفاق معهم على تقسيم العيون الموجودة داخل الدير، على أن يلتزم كل طرف بالبروتوكول الذي وقع عليه الكنيسة والدير والسكان المحليين، فضلًا عن أنهم نقدوا كل العهود، ليرى البعض الدير عبارة عن دولة داخل الدولة ولا يستطيع أحد دخوله بسبب حمايته من قبل الخارجين عن القانون. وتعاود أزمة الدير لتلوح من جديد، حيث شهدت المنطقة الجبلية المحيطة بالدير المنحوت بصحراء الريان في الفيوم، مشاجرات بين رهبان الدير والشركة المنفذة للطريق الإقليمي الذي يخترق الدير ويصل إلى منطقة الواحات والذي سعت السلطة التنفيذية لتنفيذه بعد موافقة الكنيسة وتأييدها للأمر. ويأتي قرار نيابة أبشواى بالفيوم، بحبس الراهب بولس الريانى أحد رهبان الدير المنحوت، 4 أيام على ذمة التحقيق في البلاغ المقدم ضده من مهندسي شركة المقاولون العرب يتهمونه فيه بحرق معدة تابعة للشركة كانت تقف بجوار سور الدير والتعدى على العمال والمهندسين ومنعهم بالقوة من عملهم في الطريق المقرر إنشاؤه بين محافظة الفيوم والواحات ويمر بسور الدير. وأصدر البابا تواضروس بطريريك الكرازة المرقسية وبابا الإسكندرية، قرارًا بشلح 4 من كبار الرهبان بينهم القس بولس الرياني رئيس الدير، بسبب إثارتهم المشاكل مع أجهزة الدولة، وتحريضهم الرهبان على التصدي لأجهزة الجيش والشرطة لمنع إزالة التعديات.
"ائتلاف أقباط مصر": نطالب بالتعامل الدبلوماسي مع الرهبان في هذا السياق قال فادى يوسف ، مؤسس ائتلاف أقباط مصر، إن أزمة الدير المنحوت بين مؤسسات الدولة ولم تحل حتى الآن، منوهًا إلى اختفاء مسئولية الدولة في هذه الأزمة حيث اشترك في الأمر كلًا من هيئة الطرق والكباري والآثار ووزارة البيئة، حيث تعد المنطقة محمية بيئية تخضع لوزارة البيئة، كما أن الآثار وجدت الساريات بها تعود للقرن 12 و13 ق.م، وبالتالي الحرمة الأثرية للدير لن تسمح بإقامة طريق إلا على بعد 200 كم وهذا يخالف ما يحدث في منطقة وادي الريان . وأشار يوسف في تصريحات ل"المصريون"، إلى أنه تم التوصل لحل مؤقت للأزمة، وهو عمل سور لتأمين الدر وإقامة نفق يربط الجانب البحري والقبلي وإسقاط التهم اثر تعرض المحمية لبعض الإضرار، مشيرًا إلى أن الأزمة اشتعلت عند إلقاء القبض على الأب بولس ريانى و7 آخرين في نيابة الفيوم. وتابع: الأمر قد يواجه بدبلوماسية أفضل من استخدام القوة، مطالبًا بضرورة الإفراج عنه وإسقاط التهم التي ظهرت بشكل مفاجئ وذلك بعد وصفه بالإجرام، مؤكدًا على أن الأمر يحتاج توضيح لأن الرهبان مستمرون في منع إقامة الطريق إذا استمرت الدولة في التعامل القانوني وبالتالي سيكون مصير الرهبان مثل بولس الرياني. أقباط 38: الرهبان لا يستندوا لسند قانوني وعلى صعيد آخر، قال نادر الصيرفي ، مؤسس أقباط 38، إن نزع الملكية للمنفعة العامة أمر جائز في القانون، منوهًا إلى أن المصلحة العامة تفوق الخاصة، كما أن الكنيسة مالكة الدير هى من بيدها القبول أو الرفض وهى متقبلة الأمر لتسهل مهمة السلطة التنفيذية. واستنكر "الصيرفي"، تصرفات الرهبان: قائلًا كيف يتم الاعتراض على السلطة الدينية خاصة وأنها متفقة مع السلطة التنفيذية، مشيرًا إلى أن الرهبان لا يستندوا لسند قانوني لدعم موقفهم، لافتًا إلى مدى التجاوزات التي قام بها الرهبان كحرق الجرار وغيرها من الإجراءات إلا أنهم يقومون بمحاولة لتحويل المسألة لفكر طائفي للسماح بتجاوز القانون. الثقافي القبطي الأرثوذكسي: الكنسية اقتربت لحل الأزمة وفي نفس السياق قال الأنبا أرميا رئيس المركز الثقافي القبطي الأرثوذكسي, إن الكنيسة تقترب من حل الأزمة وشق الطريق الدولي، من أجل إرضاء كافة الأطراف، مؤكدًا على أن الرهبان استجابوا لمبادرة الحل بين الكنيسة والدولة.