في خطوة مفاجئة قد تسفر عن مواجهة ساخنة بين النظام الحاكم ومنظمات المجتمع المدني، وبعد حفظ التحقيقات بها قرابة 4 أعوام، أعادت جهات التحقيق فتح ملفات القضية 173 تمويل أجنبي. الجدير بالذكر أن القضية كلف بها المستشار هشام عبد المجيد، الذي قرر فتح تحقيقات موسعة بالقضية، وذلك لورود معلومات جديدة بشأن عدد من المنظمات الحقوقية وبعض المراكز الأهلية وأشخاص متورطين في تلقى تمويل من الخارج أجنبيا وعربيا، وخاصة بعدما خاطبت 16 منظمة حقوقية مصرية المفوض السامى لحقوق الإنسان بالأمم المتحدة للحفظ الفورى لملف القضية وضمان بيئة آمنة ومواتية لتعزيز المجال العام وحماية المراكز الثقافية بما يتيح لها تنفيذ فعالياتها. ومن أبرز المؤسسات المتهمة في القضية: مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، المعهد المصري الديمقراطى، المصري للحقوق الاقتصادية، مركز هشام مبارك للقانون، المنظمة العربية للإصلاح القانونى، مركز الأرض لحقوق الإنسان، مركز دار المستقبل للاستشارات القانونية، الجمعية الوطنية للدفاع عن الحقوق والحريات، المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، المكتب العربي للقانون، المؤسسة العربية لدعم المجتمع، مؤسسة التعزيز الكامل للمرأة والمجتمع، المركز المصري لحقوق التعليم، محامو العدل والسلام. كانت محكمة الجنايات أصدرت حكما في يونيو 2013 لإدانة 43 من العاملين بالمنظمات الدولية من جنسيات مختلفة بأحكام حبس تتراوح بين 1 و5 سنوات، وتم تهريب الأجانب المتهمين بالقضية لخارج البلاد في طائرة خاصة، وهو ما أثار حفيظة الرأى العام، وأمرت النيابة العامة بفتح التحقيقات مرة أخرى لورود معلومات جديدة بتلقى منظمات وجمعيات أهلية بعضها ذو طابع دينى تمويلات أجنبية من الخارج منذ عام 2011.