أعرب الدكتور محمود عزت نائب المرشد العام ل "الإخوان المسلمين" عن موقف جماعته ب "الرفض القاطع" لتحويل المدنيين إلى القضاء العسكري، لأنه إجراء "غير دستوري ويتعارض مع الإعلان العالمي لحقوق الإنسان الصادر عن هيئة الأممالمتحدة". وبالإضافة إلى "عدم توافر ضمانات العدالة الكاملة للمتهمين" في تلك المحاكمات، يشير إلى رفض "الإخوان" لها، كونهم "من أكثر الفئات التي اكتوت بنار تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري، فقد سجن مئات من قياداتهم بأحكام استثنائية من هذا القضاء". وأضاف عزت إن هذا القضاء "مؤهل للحكم في قضايا الجرائم والمخالفات التي يرتكبها العسكريون وتلك التي تتم في الثكنات العسكرية, وكان المتوقع أن يُغلق هذا الملف تمامًا بعد قيام الثورة ولا يقدم متهم مدني إلا إلى قاضيه الطبيعي". وأعرب نائب مرشد "الإخوان" عن انزعاج الجماعة بشدة من إصدار أحكام عسكرية على أكثر من عشرة آلاف شخص خلال الأشهر الستة الماضية، وطالب بإعادة محاكمتهم أمام القضاء المدني الطبيعي، "خصوصا وأن عتاة المجرمين الذين قتلوا المئات ونهبوا الثروات وخربوا البلاد وأذلوا العباد يحاكمون أمام القضاء الطبيعي وتوفر لهم كافة ضمانات العدالة الكاملة", على حد قوله. وأكد عزت أن "المجلس العسكري له دوران أساسيان الآن؛ الدور العسكري بحماية الوطن وهذا ما نقدره ونثني عليه، أما الدور السياسي فهو إدارة البلاد في الفترة الانتقالية، وهذا ما نطالب أن يتم التعامل فيه بالأسلوب السياسي المعتمد على الحوار والمناقشة وسعة الصدر وتحمل النقد واحترام الحريات العامة التي كفلتها الشرائع والقوانين، حتى يظل رصيد الحب للمجلس العسكري في نفوس المصريين ثابتًا أو يزيد".