أبدى الدكتور محمود عزت، نائب المرشد العام للإخوان المسلمين، انزعاج الجماعة الشديد من خبر إصدار أحكام عسكرية على أكثر من 10 آلاف شخص خلال الأشهر الستة الماضية، وطالب بإعادة محاكمتهم أمام القضاء المدني الطبيعي، "خصوصا، وأن عتاة المجرمين الذين قتلوا المئات ونهبوا الثروات وخربوا البلاد وأذلوا العباد، يحاكمون أمام القضاء الطبيعي، وتوفر لهم كافة ضمانات العدالة الكاملة". وقال عزت: "إن موقف الإخوان المسلمين من تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري هو الرفض القاطع"، واعتبره إجراء غير دستوري، يتعارض مع الإعلان العالمي لحقوق الإنسان الصادر عن هيئة الأممالمتحدة، كما أنه لا يوفر ضمانات العدالة الكاملة للمتهمين، مشيرا إلى "أن الإخوان المسلمين كانوا من أكثر الفئات التي اكتوت بنار تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري، فقد سجن مئات من قياداتهم بأحكام استثنائية من هذا القضاء". وأضاف نائب المرشد، "أن القضاء العسكري مؤهل للحكم في قضايا الجرائم والمخالفات التي يرتكبها العسكريون، وتلك التي تتم في الثكنات العسكرية"، مؤكدا "أنه كان المتوقع أن يُغلق هذا الملف تماما بعد قيام الثورة، ولا يقدم متهم مدني إلا إلى قاضيه الطبيعي". وأكد عزت "أن المجلس العسكري له دوران أساسيان الآن، الدور العسكري في حماية الوطن، وهو دور محل تقدير وثناء، ثم الدور السياسي في إدارة البلاد في الفترة الانتقالية، وطالب أن يتم التعامل فيه بالأسلوب السياسي المعتمد على الحوار والمناقشة وسعة الصدر وتحمل النقد، واحترام الحريات العامة التي كفلتها الشرائع والقوانين، حتى يظل رصيد الحب للمجلس العسكري في نفوس المصريين ثابتا أو يزيد"، بحسب نص البيان.