أعلنت جماعة الإخوان المسلمين، رفضها تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري، واعتبرته إجراء غير دستوري. وقال الدكتور محمود عزت، نائب المرشد العام للجماعة: «إن موقف الإخوان من تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري هو الرفض القاطع وذلك لأنه إجراء غير دستوري ولأنه يتعارض مع الإعلان العالمي لحقوق الإنسان الصادر عن هيئة الأممالمتحدة، ولعدم توافر ضمانات العدالة الكاملة للمتهمين، إضافة إلى أن الإخوان كانوا أكثر الفئات التي اكتوت بنار تحويل المدنيين إلى القضاء العسكري، فقد سجن مئات من قياداتهم بأحكام استثنائية من هذا القضاء». وأضاف عزت، فى تصريح صحفى، الثلاثاء أن «هذا القضاء مؤهل للحكم في قضايا الجرائم والمخالفات التي يرتكبها العسكريون وتلك التي تتم في الثكنات العسكرية، وكان المتوقع أن يُغلق هذا الملف تماماً بعد قيام الثورة ولا يقدم متهم مدني إلا إلى قاضيه الطبيعي». وأكد أن خبر إصدار أحكام عسكرية على أكثر من عشرة آلاف شخص خلال الأشهر الستة الماضية، «أثار ازعاج الجماعة»، وهي تطالب بإعادة محاكمتهم أمام القضاء المدني الطبيعي، رغم ما أسماهم «عتاة المجرمين»، الذين «قتلوا المئات ونهبوا الثروات وخربوا البلاد وأذلوا العباد يحاكمون أمام القضاء الطبيعي وتوفر لهم كافة ضمانات العدالة الكاملة»، في إشارة إلى رموز النظام السابق. وأوضح عزت، أن المجلس العسكري له دوران أساسيان الآن، هما الدور العسكري في حماية الوطن، والجماعة تقدره وتثنى عليه، والثاني وهو الدور السياسي في إدارة البلاد في الفترة الانتقالية، وقال: «هذا ما نطالب أن يتم التعامل فيه بالأسلوب السياسي المعتمد على الحوار والمناقشة وسعة الصدر وتحمل النقد واحترام الحريات العامة التي كفلتها الشرائع والقواني ، حتى يظل رصيد الحب للمجلس العسكري في نفوس المصريين ثابتا أو يزيد».