استنكر الدكتور محيي الدين عفيفي الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية، الحملات الممنهجة في عدد من وسائل الإعلام ضد قيادات الأزهر واتهامها بالأخونة، وذلك بتصيد المواقف منزوعة السياق ومحاولة الاستدلال بها لإلصاق التهم جزافا لتشويه صورة الأزهر بما يضر بمصلحة الوطن. وقال عفيفي إن الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف يركز في اختياراته للقيادات في الأزهر الشريف على الكفاءات العلمية المتميزة والمؤمنة برسالة الأزهر السمحة المناهضة لكافة أشكال التطرف والإرهاب بطبيعة الحال. وأضاف "في هذا الإطار لم يكن وكيل الأزهر ولا مستشار فضيلة الإمام من الداعمين للإرهاب أو جماعات العنف كما يروج في بعض وسائل الإعلام ، وأنه منذ تولي وكيل الأزهر لمهام عمله لم يصدر منه أي تصريح أو موقف يتنافى مع سياسة الدولة ورؤية الأزهر الشريف". واعتبر أن "ما يروج له من تصريحات في فترة حكم الإخوان إنما كانت عبارة عن آراء ووجهات نظر شأنه في ذلك شأن أي مواطن أبدى وجهة نظره السياسية دون أن يقترف ما يعاقب عليه القانون". وأضاف أن "لوكيل الأزهر وقفات جريئة عارض بها كثيرا من سياسات الإخوان ولاأدل على ذلك من مجابهته لقانون الصكوك وتصريحاته ضد الجماعة ما أدى لإحراقهم منزله الخاص". وفيما يتعلق بالمستشار محمد عبد السلام، المستشار القانوني لشيخ الأزهر، فوصفه عفيفي بأنه "أحد الشباب الذين يتمتعون بالكفاءة والعطاء المتميز ولا أدل على ذلك من ثقة الإمام الأكبر فيه ولم يثبت عليه قول أوفعل يلزم منه تكدير الصفو والأمن العام". وقال إن "له جهودًا مشهودة في صياغة الدستور المصري واستقلال الأزهر يعرفها القاصي والداني فما كان جزاء نجاحه إلا أن اتهمه المتربصون بأنه إخواني علما بأن صفحة الرجل بيضاء وواضحة للجميع اللهم إلا النجاح والتميز والإخلاص للوطن وللأزهر الشريف من شاب مصري يعشق الوطن وأزهره الشريف".