حسم الدكتور محمد حبيب، النائب الأول لمرشد جماعة "الإخوان المسلمين" أمره وقرر بعد أكثر من عام على إخفاقه في انتخابات مكتب الإرشاد، الانسحاب رسميا من الجماعة والاستقالة بصفة نهائية من التنظيم، والانضمام لحزب "النهضة"- تحت التأسيس- بزعامة الدكتور إبراهيم الزعفراني، القيادي الإخواني السابق. وأعلن حبيب قرار الاستقالة في ساعة متأخرة من مساء الثلاثاء، في بيان مقتضب على صفحته على موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" وجاء فيه: "الإخوة الأحباب.. السلام عليكم ورحمة الله وبركاته وبعد، فمنذ اليوم الثلاثاء 12 يوليو 2011 أعلن استقالتي من تنظيم الإخوان المسلمين، وانضمامي إلى حزب النهضة تحت التأسيس، سائلا المولى تعالى للجميع التوفيق والسداد، ولمصرنا العزيزة التقدم والرقى والازدهار، وصلى الله على سيدنا محمد وعلى آله وصحبه وسلم". وكانت الخلافات بين الدكتور محمد حبيب وقيادات الإخوان وصلت ذروتها في الأسابيع الأخيرة في فترة ولاية المرشد السابق محمد مهدي عاكف، بعد أن رفض عدد من قيادات الجماعة وأعضاء مكتب الإرشاد خلافته للأخير، بعد تقديمه استقالته بسبب أزمة عضوية الدكتور عصام العريان لمكتب الإرشاد آنذاك. واحتدمت الخلافات بعد أن أسفرت انتخابات مكتب الإرشاد التي أجريت في نهاية ديسمبر 2009 عن خسارة حبيب، وهو ما جعله يغادر القاهرة غاضبًا من إخوانه ويتوجه إلى أسيوط حيت تقيم أسرته، وأعلن استقالته من عضوية مجلس الشورى العام بالجماعة ومن عضوية التنظيم الدولي. وأكد حبيب ل "المصريون" أن صفحة علاقاته التنظيمية بجماعة "الإخوان" طويت للأبد بما فيها من معان وذكريات وتأملات وخواطر وضعناها الآن وراء ظهورنا حيث نتطلع إلى مستقبل نسأل الله أن يوفقنا لما له خير أمتنا ووطنا مع كل التقدير لكل من عملنا معه أو تعلمنا على يديه من علمائنا وشيوخنا. ونفى حبيب تقدمه باستقالة رسمية إلى مكتب الإرشاد، مؤكدا أنه حرص على إعلان استقالته من الجماعة لرفع الحرج عنها، لاسيما وأنها أعلنت منذ فترة فصل أي عضو ينضم لأي حزب آخر، لافتا إلى أنه سبق الاستقالة بالانضمام لحزب "النهضة" كعضو مؤسس في الحزب. وأعرب عن أمله في القيام بدور مهم في المشروع النهضوي والحضاري المصري الذي لا يستطيع فصيل واحد أو حزب أو الجماعة الانفراد به وحده، خصوصا أن وطننا أكبر من الجميع ويصعب على أحد احتواءه مهما كانت قوته. وعن احتمالات شغله منصبا قياديا داخل حزب "النهضة"، قلل من أهمية ذلك بالقول إن "من قدم استقالته من منصب نائب أول المرشد العام وعضو التنظيم العالمي يصعب عليه البحث عن منصب آخر إلا المشاركة في المشروع النهضوي والحضاري لأمتنا". وأقر حبيب بمساع بذلت من بعض الأشخاص بهدف تقريب المسافات مع الجماعة، لكن الأقدار لم تكتب النجاح لهذا المسعى، خصوصا و"أن دوري داخل الجماعة كان دعويًا في المقام الأول ولم أكن في يوم من الأيام أعمل عند أحد". من جانبها، رفضت الجماعة التعليق على استقالة حبيب، وقال الدكتور محمود غزلان المتحدث الإعلامي باسم "الإخوان" إنه لا تعليق من جانب الجماعة على استقالة الدكتور محمد حبيب، مرجعا ذلك لكونه لم يتقدم باستقالته رسميًا. ويعد حبيب أبرز الوجوه الإخوانية المنضمة لحزب النهضة"، الذي يضم مجموعة من المحسوبين على التيار الإصلاحي بالجماعة. وأكد الدكتور إبراهيم الزعفراني وكيل مؤسسي حزب "النهضة" بتصريحات ل "المصريون" منذ أسابيع أكد فيها أن عددا كبيرا من "الإخوان" انضموا لحزبه بالرغم من الحظر الذي فرضه المرشد العام الدكتور محمد بديع على أعضاء الجماعة بالانضمام لأي حزب سياسي سوى حزب "الحرية والعدالة" الذي أسسته الجماعة.
