تحت عنوان (الازهر وصناعة الفتن ) قال موقع (اقباط متحدون) ان اصدار الدكتور محمد عمارة عضو مجمع البحوث الاسلامية كتاب بعنوان ( ملاحظة علميه على كتاب المسيح فى الإسلام للدكتور مشيل الحايك نقد وتعليق ) انما يأتى اكمالا للدور السلبى لمؤسسة الازهر فى معالجة الاحتقان الطائفى والوقوف امام التيارات المتشددة بحسب رأيهم وقد اتهمت منظمات اقباط المهجر أراء الدكتور /محمد عمارة بالسلبية والمتكررة خاصة فيما يتعلق بشأن العقيدة المسيحية , وهى الاراء التى يكتبها دوما فى الصحف المصرية القومية . كما انتقدت مؤسسة الازهر لانها نشرت هذا الكتاب للدكتور عمارة ووزعته مجانا مع مجلة الازهر عددمارس 2006,مما يعنى من وجهة نظر منظمات اقباط المهجر تنازل الازهر عن دورة كمؤسسة دينية المفروض عليها المساعدة فى ازالة الاحتقان الدينى ومواجهة ازدراء الاديان لا ان تدعمه (على حد وصف وزعم اقباط المهجر ) رغم اعتراف اقباط المهجر ان ما كتبه الدكتور / محمد عمارة بندرج تحت حرية الرأى والتعبير التى كفلها الدستور المصرى . واستشهدت تلك المنظمات ببعض السطور مما جاء فى كتاب الدكتور / عمارة خاصة تفسيره لنزول الايه 22 من سورة المائدة والتى تتعاطف مع المسيحيين ( كما يقول اقباط المهجر ) حيث يعترض اقباط المهجر على تفسير الدكتور / الذى يقول ان هذه الاية لم تنزل فى النصارى الحاليين الذين يؤلهون المسيح , وانما نزلت فى النجاشى ملك الحبشة الذى كان موحدا , والذى حمى المهاجرين المسلمين الموحدين , والقساوسة الذين فاضت اعينهم بالدمع عندما سمعوا القران . ويعترض اقباط المهجر على وصف الدكتور/ عمارة لسيدنا عيسى عليه السلام هو عبد الله وليس الها او ابن الله , انما هو ابن مريم . كما يعترضون ايضا على قوله ( هل يعقل ان يكون القران ناعما مع الانحراف النصرانى الذى تجاوز وتفوق على هذا الشرك الجاهلى عندما قال اصحابه ان المسيح هو ابن الله ) . وطالب اقباط المهجر شيخ الازهر ان يطرح رايه فيما كتبه الدكتور / محمد عمارة , متسائلين هل هذا ازدراء للاديان ؟ ام ان الامر يختلف حينما يتعلق الامر بعقيدة المسيحيين ؟ على حد وصفهم