شهدت حركة تمرد حالة من الانقسام والتشتت منذ تردد فكرة ترشح الفريق أول عبد الفتاح السيسى وزير الدفاع لرئاسة الجمهورية، حيث أعلن عدد من قيادات الحملة ومؤسسوها دعم لترشحه، وهو ما رفضه البعض الآخر، فيما انشق البعض عن الحركة وانضم لحركات تدعم مرشحًا مدنيًا. بينما أسس البعض الآخر حركات موازية لتمرد، حيث دشن المنشقون عن الحركة حملة جديدة باسم "تمرد تصحيح المسار"، بعد إعلان عدد من قيادات الحركة أبرزهم محمود بدر، وحسن شاهين، ومحمد عبد العزيز تحول الحملة إلى حركة سياسية. كما انضم بعض الأعضاء البارزين لحملة "مرشح الثورة" التي تطالب بدعم حمدين صباحي مؤسس التيار الشعبي للرئاسة، بعد تصريح قيادات بالحركة بدعم وزير الدفاع الفريق عبد الفتاح السيسي كمرشح للرئاسة. فيما دشن عدد آخر حملة جديدة موازية على "فيس بوك"، لسحب توقيعاتهم من "تمرد"، لما اعتبروه "انحراف الحركة عن المسار الذي وقعّوا عليه في استمارات سحب الثقة من الرئيس المعزول". واتهم محب دوس، المنسق العام لحملة "تمرد"، وأحد مؤسسي الحملة، بعض قيادات الحملة التي تحولت إلى حركة بأن هناك بعض الشبهات المالية تثار حولهم، خاصة تلقيهم أموالاً لخدمة الحملة وحصلوا عليها لمنافع شخصية. وأشار إلى أن الحملة تحولت لحركة سياسية لخدمة اتجاه معين مرفوض تمامًا من أجل المصالح الشخصية وتغليبها على المصالح العامة، مؤكدًا أن هناك اتجاهات كبيرة داخل الحملة لدعم الفريق عبد الفتاح السيسى فى سباق رئاسة الجمهورية. وأضاف أن الحملة سوف تشهد انقسامًا كبيرًا إذا ترشح السيسي وقد ينهى تاريخها بعد الانشقاقات الكبيرة التى تعصف بها بسبب تغيير أهداف الحملة الرئيسية منذ تحويلها لحركة سياسية فى بادئ الأمر، ثم إعلان البعض دعم المؤسسة العسكرية. من جانبها، قالت مي سليم، المنشقة عن الحملة منذ فض اعتصام رابعة العدوية والنهضة بالقوة من قبل رجال الجيش والشرطة، حيث كانت من أوائل الرافضين لفض الاعتصامين بالقوة داخل الحركة والتى انضمت منذ فترة إلى حملة مرشح الثورة "ضمن المكتب السياسى"، إنها انضمت إلى حملة مرشح الثورة لدعم مرشح مدنى وليس عسكريًا كالفريق عبدالفتاح السيسي، وهذه من أهم مبادئ ثورة يناير. وقالت إن دعم حمدين صباحى مؤسس التيار الشعبى لرئاسة الجمهورية كمرشح مدنى هو أفضل الحلول لتصحيح مسار الثورة، مشيرةً إلى أن الحملة ليس لديها مانع من دعم أى مرشح مدنى آخر تتفق عليه القوى المدنية والثورية. واتهمت سليم بعض مؤسسي حملة تمرد بدعم السيسي فى سباق الرئاسة من أجل تحقيق مصالح شخصية بدأت بتحويل الحملة لحركة سياسية ثم دعمها للمؤسسة العسكرية وهو يؤكد تخبطها بعد التحول عن أهدافها التى قامت من أجلها، وأوضحت أن دعم السيسي يعيد حكم العسكر الذى رفضه الشعب فى 25 يناير، وألمحت إلى أن تمرد تنهى تاريخها وأعمالها التى حققتها فى 30 يونيو بعد التخبط والانقسام والانشقاقات المتتالية عن الحركة . من جانبه أكد محمد عوض، عضو اللجنة المركزية بحركة تمرد، أن هناك حالة استياء بين أعضاء الحركة بعد إعلان محمد عبد العزيز ومحمود بدر من قيادات الحركة دعم السيسى على الرغم من أن القرار لم يؤخذ بشكل نهائي، مشددًا علي أن الأغلبية داخل "تمرد" ضد دعم السيسي وهناك شبه اتفاق على دعم مرشح مدني يعبر عن الثورة ويكون عليه إجماع وتوافق مدني ولم يلوث بالتعامل مع أي من النظامين السابقين. وأشار إلى أن ترشح السيسي للرئاسة سيجلب الكثير من الأزمات على مصر، وستعتبر ثورة 30 يونيو انقلابًا عسكريًا وبالتالي فإنه على السيسي ألا يترشح حفاظًا على وحدة وتماسك القوات المسلحة، كما أن السيسي كان عضوًا بالمجلس العسكري الذى عارضه كل شباب الثورة على الرغم من احترام قيامه بتنفيذ إرادة الشعب بإزاحة الإخوان حسب وصفه، كما أن السيسي يواجه الكثير من المشكلات مع شباب الثورة وأبناء التيار الإسلامي، نافيًا وجود ما يسمى بالإجماع عليه. وأوضح أن الحركة ستتفق في وقت قريب علي مرشحها للانتخابات الرئاسية وما أعلنه محمود بدر ومحمد عبد العزيز لا يعدو كونه رأيًا شخصيًا، مؤكدًا أنه يجب عليهم احترام قرار الحركة في الوقت الذى تحترم فيه آراءهم الشخصية، مشددًا على أن أعضاء تمرد بعيدون كل البعد عن دعم السيسى.