اتهم هيثم أبو خليل، القيادي المنشق عن جماعة الإخوان المسلمين، قادة الجيش بالوقوف خلف ما سماه "مسلسل" اغتيال وزير الداخلية، على حد قوله، لتحقيق عدة أهداف على المستويين الداخلي والخارجي، منها خلق حجة لاستمرار الحظر وحالة الطوارئ، والترويج عالمياً لفكرة أن مصر تواجه إرهابا حقيقيا، وأن تنظيم القاعدة انتقل من سيناء إلى القاهرة. وأشار أبو خليل في تصريحات خاصة ل"المصريون"، إلى أن الداخلية بارعة في تصميم تلك الحوادث الملفقة والوهمية، وأن المسلماني ذاته صرح خلال برنامجه "الطبعة الأولي" نصاً: "مدرسة حبيب العادلي الأمنية.. حبيب العادلي عمل تفجيرات شرم الشيخ اتفاقا مع جمال مبارك للانتقام من حسين سالم الذي أراد تخفيض نسبة جمال في صفقة بيع الغاز"، متوقعاً أن تخرج أجهزة البحث الجنائي لتعان أن العبوات الناسفة التي استخدمت في محاولة اغتيال وزير الداخلية نفسها التي استخدمت في كنيسة القديسين حتى يتم تأجيج مشاعر الفتنة الطائفية. واعتبر القيادي الإخواني السابق، أن تلك الواقعة في ذلك التوقيت هدفت إلى قطع الطريق على أي حل سياسي، خاصة في تزامنه مع إحالة البرادعي للمحاكمة في تهمة التخابر، فضلاً عن عمليات القبض على شباب الثورة وآخرهم هيثم محمدين. ووجه أبو خليل حديثه إلى شباب الثورة، قائلاً: "أكلت يوم أكل الثور الأبيض"، في إشارة إلى حملات استهدافهم، داعيا إياهم إلى التوحد مرة أخرى لمواجهة الحكم العسكري.