تدين الجماعة الإسلامية حادث الاعتداء على الجنود المصريين في رفح أياً كانت الجهة التي تقف وراء الاعتداء. وتؤكد الجماعة في بيان لها "إن ما توارد من أنباء عن قيام الداخلية بنقل مجموعة من المعتقلين في الأحداث الماضية من معارضي الانقلاب إلى سيناء بالقرب من مكان حادث الجنود يؤكد أن قادة الانقلاب يحاولون تلفيق التهمة – كما كانت تفعل مباحث أمن الدولة في عهد الرئيس المخلوع مبارك – إلى معارضي الانقلاب مما يشير بتدبير الحادث للتغطية على جرائم الداخلية خلال الأيام السابقة والإيهام بأن هناك إرهاب حقيقي يهدد البلاد لذلك تطالب الجماعة الإسلامية بتحقيق جاد وحقيقي ومحايد لكشف حقيقة مقتل الجنود المصريين".