قدر الجهاز المركزي للمحاسبات خسائر شركة سيناء للفحم بقيمة 189 مليون جنيه خلال العام المالي 2008/ 2009، وفسر الخسارة بتعرض الشركة لمعوقات فنية وتسويقية وتمويلية الأمر الذى كان له أثر مباشر فى تدهور نتائج أعمالها، وانتهى الأمر إلى توقف الإنتاج وصدور قرار من الجمعية العامة غير العادية بتصفية الشركة عام 2005. وقال المستشار جودت الملط رئيس الجهاز أنه تم الإنتهاء من تقرير الرقابة المالية للشركة، وأفاد بتأسيسها 1988 وتبعيتها للهيئة المصرية العامة للثروة المعدنية، ويتحدد نشاطها الرئيسى فى البحث عن الفحم وإعادة تشغيل منجم فحم المغارة بمدينة العريش. وأوضح الملط أن نتائج أعمال التصفية عن الفترة من الأول من يوليو/ تموز 2008 حتى 30 يونيو/ حزيران 2009 قدر خسائر الشركة في المرحلة بنحو مليار و661 مليون جنيه. وأشار تقرير الجهاز إلى أن الهيئة المصرية العامة للثروة المعدنية بدأت في إجراءات طرح منجم فحم المغارة للاستثمارفى مزايدة عامة عالمية لإعادة تشغيل المنجم لما يحتويه من إحتياطى من الفحم يصل إلى نحو 20 مليون طن. وأوصى الجهاز المركزى للمحاسبات بسرعة إنهاء أعمال التصفية التى بدأت عام 2005 منعا لتحمل المزيد من المصروفات والخسائر وكذلك تحديد المسئولين عن هذه الخسائر الضخمة التى تعد نموذجا صارخا لإهدار المال العام دون مسائلة أو حساب .
