اعتبرت عدة منظمات حقوقية مصرية، أن الدولة المصرية والمسئولين بها فشلوا في تطبيق القانون خلال فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، مدينة استخدام قوات الأمن القوة بشكل مفرط. وقالت في بيان صحفي موحد، مساء الخميس إن جماعة الإخوان المسلمين لم تسمع إلى صوت العقل أخذت تحارب وتقتل مصريين وبخاصة المسيحيين منهم وتهاجم الكنائس ومؤسسات الدولة. وأضاف البيان:كان بإمكان أجهزة الأمن تجنب هذه المأساة الإنسانية لو أنها اتبعت القواعد والمعايير الدولية في فض التجمعات. فضلاً عن تقاعس سلطات الأمن طوال الأسابيع الماضية عن القيام بواجبها في منع تمرير الأسلحة والذخائر إلى مواقع الاعتصامين". ووقع على البيان مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، و جمعية حقوق الإنسان لمساعدة السجناء، والشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، ولامبادرة المصرية للحقوق الشخصية. بجانب المركز المصرى للحقوق الاقتصادية و الاجتماعية، ومركز هشام مبارك للقانون، المنظمة العربية للإصلاح الجنائي، ومؤسسة حرية الفكر والتعبير، نظرة للدراسات النسوية. وانتقد ما أسماه "ممارسات القتل والتعذيب، والاعتداء البدني على الصحفيين دون أي شكل من المحاسبة"، متابعين: إن ارتكاب بعض المشاركين في الاعتصام وقياداتهم لأعمال إجرامية وحمل بعضهم للسلاح وممارسة العنف، لا يبرر للسلطات الأمنية ممارسة العقاب الجماعي والاستخدام المفرط للقوة في فض الاعتصامين. واستطرد البيان: إن اتساع نطاق هذه الممارسات الإجرامية يشير إلى أن جماعة الإخوان المسلمين قررت انتهاج العنف السياسي والإرهاب لفترة طويلة قادمة؛ بدلاً من ممارسة النقد الذاتي والاعتراف بفشلها في الحفاظ على ثقة المواطنين". وأعربت المتظمات عن خشيتها من اتساع نطاق الإرهاب وانزلاق البلاد لدوامة حرب أهلية، ومطالبة الدولة بوضع خطة جادة لاحتواء العنف واستعادة المسار السياسي الذي اختطفته الحلول الأمنية في العاصمة وقبلها في سيناء. كما طالبت بإجراء تحقيقات مستقلة ومحاكمة كل من تورط بشكل مباشر في قتل المواطنين خارج نطاق القانون منذ 3 يوليو الماضي، والكشف عن أسباب سقوط هذا العدد الكبير من الضحايا أمس، واحتراق عشرات من جثث القتلى خلال اقتحام الاعتصامين.