حمل الدكتور ناجح إبراهيم، عضو مجلس شورى "الجماعة الإسلامية" على السلفيين في مصر، الذين لا يعتبرون الأزهر مرجعية لهم، ويرفضون الاعتراف بعلمائه، محذرًا من خطورة نظرتهم هذه لأكبر مرجعية دينية بالعالم الإسلامي، إلا أنه في الوقت ذاته انتقد المؤسسة الأزهرية لعدم انفتاحها على الإسلاميين رغم دورهم الفاعل في نشر الدعوة الإسلامية. وأضاف في تعليق لموقع "الجماعة الإسلامية" إن بعض المنتمين للحركة الإسلامية خاصة السلفية منها لا يعترفون بأي عالم من الأزهر تقريبًا ولا يعترفون إلا بعلمائهم ودعاتهم، "وهذا خطأ كبير جدًا وهو يضر الحركة السلفية ولا ينفعها، مع أن الأزهر فيه من العلماء والشيوخ من هم أقوى بكثير من شيوخ الحركة الإسلامية، لكنهم يفتقدون إلى الفاعلية والديناميكية والقدرة على توصيل رسالتهم إلى الناس". وعاب ناجح على الحركة الإسلامية عمومًا تركيزها فقط على عيوب الأزهر وإغفال مزاياه، وما اعتبرها "رغبة متصاعدة في تجريح علمائه" من قبلها، "ظنها أنها تملك الدعاة والعلماء الأقوى والأقدر على الدعوة ونقل العلم"، معتبرًا أن هذا يمثل أحد عوامل التوتر الذي شاب العلاقة بين الأزهر والإسلاميين على مدار سنوات طويلة. وأشار مُنظّر "الجماعة الإسلامية" إلى العديد من النماذج لعدد من أبرز علماء الأزهر الذين كانت لهم ريادتهم داخل الحركة الإسلامية، مؤكدًا أن ريادتهم هذه كانت بفضل انتمائهم لمؤسسة الأزهر، ضاربًا المثل بالشيخ الدكتور يوسف القرضاوي والشيخين الراحلين محمد الغزالي وسيد سابق والشيخ المحلاوي والدكتور عمر عبد الرحمن. غير أن ناجح الذي كان يعلق على أسباب توتر العلاقة بين الأزهر والإسلاميين انتقد الأزهر لأنه "أراد أن تكون الحركة الإسلامية تابعة له تبعية تامة أو لا تكون موجودة على الإطلاق ظنًا منه أنها تسحب البساط من تحت قدميه وهذا خطأ كبير، كما رغب في بعض الأوقات أن تسير الحركة ببطء شديد يتلاءم مع الروتين القاتل الذي يسير عليه وإلا اعتبرت الحركة ابنًا عاقًا شاردًا وخارجًا عن الصف". ومثلما عاب على الإسلاميين تركيزهم على عيوب الأزهر وإغفال مزاياه، انتقد الأزهر أيضًا لتركيزه فقط على عيوب الحركة الإسلامية وينسى مزاياها وأهميتها في دفع الدعوة الإسلامية إلى الأمام، مشيرًا إلى الدور الذي لعبته الحركة الإسلامية، قائلاً إنه "لولاها لماتت الدعوة في مصر تمامًا.. وكل الفترات التي غابت فيها الحركة الإسلامية عن الساحة كانت الدعوة في حالة موت إكلينيكي".