حذر أزهريون وجهاديون من مطالبات البعض بالخروج عن الحاكم واستخدام العنف والسلاح، باعتباره من أعمال "البغي" التي تبيح للحاكم قتلهم درءًا للفتنة وإراقة الدماء، مشيرين إلى أن الخروج عليه لمجرد انتمائه للمشروع الإسلامي وسعيه لتطبيق الشريعة يعد "كفرًا". واعتبر محمود شعبان معقبًا على فتوى شيخ الأزهر الأخيرة بأن الخروج عن الحاكم بالسلاح ليس كفرًا أن الخروج بالسلاح من أعمال "البغي" التي يجوز للحاكم فيها القتال، وليس الكفر، استنادًا لقول الله تعالى: "وإن طائفتان من المؤمنين اقتتلوا فأصلحوا بينهما فإن بغت إحداهما على الأخرى فقاتلوا التي تبغي حتى تفيء إلى أمر الله". وندد شعبان بمحاولات إثارة الذعر والقلق بين أبناء الشعب الواحد ومحاولات إسقاط النظام 30 يونيه بكل الوسائل الشرعية وغير الشرعية، مجددًا القول بأن الشرع يجيز قتال الخارجين على الحاكم بالسلاح. فيما علق الشيخ أسامة القاسم، القيادي في تنظيم الجهاد، على فتوى شيخ الأزهر، معتبرًا أن الخروج عن الحاكم إذا كان بأسباب مشروعة وأسباب تستوجب عزله فلا يعد كفرًا، أما إذا كان الخروج عن الحاكم لمجرد انتمائه للمشروع الإسلامي وسعيه لتطبيق الشريعة، فإنه يعد "كفرًا" ومن خرج عن الحاكم في هذه الحالة خرج عن الإسلام. وقال: "الخروج على الرئيس مرسي بالسلاح لمجرد مرجعيته الإسلامية وسعيه لتطبيق شرع الله يعد كفرًا وخروجًا عن الإسلام".