كشف أدهم مصطفى محمود نجل المفكر الراحل الدكتور مصطفى محمود أن والده تلقى مكالمات هاتفية حملت تهديدات بالقتل وخطابات تدور كلها حول جملة واحدة "ستنال عقابك"، في إشارة إلى أشهر معاركه التي وقعت عام 2000 والمعروفة باسم "أزمة كتاب الشفاعة"، موضحًا إنه إثر تلقيه تلك التهديدات تقدم ببلاغ للجهات الأمنية حيث خضع لحراسة مشددة من قبل وزارة الداخلية، على ما أفاد لبرنامج "الحقيقة" على فضائية "دريم". واعترف الداعية الإسلامي الشيخ يوسف البدري بأنه في شبابه كان ضمن مجموعة من المشايخ الذين طالبوا بإهدار دم الدكتور مصطفى محمود، حيث نظروا إليه "كأول من يلحد وهو على سجادة صلاة، بسبب شطحاته وخياله الواسع"، في إشارة إلى مرحلة البدايات عند المفكر الراحل والتي كتب فيها عن الشك في وجود الخالق. وأضاف البدري: لكني رفضت إهدار دمه وقلت لهم إنه ليس من حق أي إنسان أن يهدر دم إنسان آخر وهذا الأمر في يد الحاكم وليس الناس، وكشف أنه قابل الدكتور مصطفى محمود وتناقش معه طويلاً وأعجب بفلسفته وأهداه ثلاثة كتب وهي تعد توكيدًا على صوفيته وهذه الكتب هي "السر الأعظم" و"الوجود والعدم" و"رأيت الله". في حين كشف الفنان والمخرج المسرحي جلال الشرقاوي أن الرقابة الدينية لم توافق على تحويل عمله الأدبي "الطوفان" إلى مسرحية، مشيرًا إلى أن هناك الكثير من الخلافات بين المفكر الراحل والشيوخ ذوي الفكر السلفي لأنهم رفضوا خياله وفلسفته في الدين. وقال إن محمود عانى من جحود الدولة، وجنازته لم يكن فيها أحد وعزاؤه لم يكن فيه أحد وهو الشخص المتميز الذي لا مثيل له في كل الوطن العربي، مشيرًا إلى مسجده الشهير الذي يضم جمعية خيرية، والذي يقدم مساعدات شهرية ل 60 ألف أسرة، لكنه مع ذلك قلل من أهمية جحود رجال الدولة والنخبة المثقفين، حيث قال إنه لا شيء بجانب الكرم الذي أكرمه له الله. وتحدث الشرقاوي عن أن المفكر الراحل كان يحلم بأن ينتج مسرحية "زيارة للجنة والنار" لكن حلمه لم يتحقق أولاً بسبب الرقابة وبعد أن وافق عليها شيخ الأزهر بعد وقت طويل، كانت العقبة الثانية وهي مسألة إنتاجية وكيف ستظهر هذه المسرحية، وهو ما تسبب في عدم عرضها نتيجة قلة السيولة المالية، أما حلمه الثاني الذي تمنى أن تحققه له الدولة وهو إعادة عرض برنامجه الوثائقي الرائع "العلم والإيمان" وهو يقع في 400 حلقة.