كشفت التحقيقات الأولية لنيابة شبرا برئاسة تامر قناوي، أن حريق مبنى السكك الحديدية يشوبه شبهة جنائية، وذلك بعدما استمعت النيابة إلى أقوال عدد من شهود العيان، الذين أكدوا أنه أثناء مرورهم بالقرب من مكان الحادث شاهدوا أشخاصا ملثمين يستقلون دراجات بخارية ويسارعون بالفرار أثناء اندلاع الحريق. كما استمعت النيابة إلى أقوال سبعة من موظفى الأمن المكلفين بحماية مبنى السكك الحديدية، والذين أكدوا عدم معرفتهم لأسباب الحريق أو رؤيتهم للمتهمين في تلك الأحداث. وأمرت النيابة بتشكيل لجنة يترأسها نائب رئيس هيئة السكك الحديدية لحصر التلفيات في المبنى وتقدير قيمتها، كما أمرت النيابة بانتداب المعمل الجنائى، للوقوف على أسباب الحريق، وسرعة إجراء تحريات المباحث للوقوف على أسباب الحادث. وكشفت معاينة النيابة أن الحريق أتى على عدد من المكاتب بالمبنى، وتبين أن أغلب المكاتب التى احترقت فى مبنى مجمع السكة الحديد هى المكاتب الخاصة بتخزين البضائع وإدارة التسويق، وبعض مكاتب الشئون الإدارية الخاصة بالبضائع فى الدور الأرضى، بالإضافة إلى احتراق المكتبة الفنية لهيئة السكك الحديدية بالمبنى.