نشبت أزمة حادة بين وزيري المالية الدكتور يوسف بطرس غالي ووزير التربية والتعليم الدكتور أحمد جمال الدين بسبب الضرائب المستحقة على مكافأت الامتحانات حيث تتهرب وزارة التربية والتعليم من سدادها عن طريق إخفاء البيانات الصحيحة عن مصلحة الضرائب العامة من خلال عمل دفترين عن المكافآت السنوية للامتحانات الأول به أرقام مخفضة ويتم تقديمه لمصلحة الضرائب والثاني به الأرقام الحقيقية ويتم تقديمه إلى وزارة التخطيط للحصول على الموارد المالية لتمويل مكافأة الامتحانات. قرر وزير المالية تشكيل لجنة لفحص دفاتر حسابات وزارة المالية لبيان حجة التهرب بعد أن ثبت أن مرتبات موظفي الوزارة تزداد سنويا بينما تقل نسبة حصيلة الضرائب المستحقة على وزارة التربية والتعليم. وذكر مصدر مطلع بمصلحة الضرائب أن وزارة التعليم العالي على النقيض تماما حيث أرتفع حجم ضريبة كسب العمل الذي تقدمه من 12 مليون جنية عام 1990 إلى 60 مليون عام 2003 2004. أما تلاعب وزارة التربية والتعليم في مكافأة الامتحانات أدت إلى خسائر كبيرة للخزانة العامة للدولة تبلغ ملايين الجنيهات. في حين أكد مصر مسئول بوزارة التربية والتعليم أن العاملين في إدارة الامتحانات المركزية بالوزارة يحصلون على مكافآت عديدة من كل لجان الامتحانات على مستوى الجمهورية ليصل نصيب كل مسئول إلى أكثر من 60 ألف جنية مكافأة امتحانات فإن الذي يتم تسجيله في دفاتر وزارة المالية 6 % فقط من قيمة مكافأة امتحانات كل موظف أو عامل.