طالب مفكرون أقباط بإعادة النظر فى المنظومة المالية بالكنيسة القبطية بعد ثورة يناير، ودعوا إلى ضرورة إخضاع ماليات الكنيسة إلى رقابة الدولة بالنص دستوريًا على حق الجهاز المركزى للمحاسبات فى مراقبة مصادر تمويل الكنيسة ومصارفها، علاوة على قيام الكنيسة بدفع ضرائب على مشروعاتها الاقتصادية بالأديرة التى يوجد بها قلاع صناعية. ومن جانبه، قال المفكر القبطى وعضو مجلس الشعب السابق جمال أسعد: يجب إخضاع ماليات الكنيسة للرقابة، وعليها دفع ضرائب شأن القوات المسلحة التى ستخضع للضرائب فى الدستور الجديد.. وأضاف: هناك قلاع صناعية ضخمة بالأديرة تمتلكها الكنيسة تدر أموالاً عليها، ولا تقوم بدفع ضرائب عليها، وهى مشروعات على أرض مصر ويجب أن تخضع للقانون، مشددًا على أن أى تبرع لأى دور عبادة لابد أن يخضع أيضًا لرقابة وزارة الشئون الاجتماعية. وشاطره الرأى المفكر القبطى بولس رمزى، الذى أكد أن الرقابة على أموال الكنيسة حق أصيل للدولة يجب النص عليه دستوريًا، فمصادر تمويل الكنيسة تقدر بالمليارات سنوياً من العشور والتبرعات الداخلية والخارجية والنذور، وتحويلات كنائس المهجر. فى المقابل، رفض الأنبا باخوميوس الأمر برمته، وقال: "لن نقبل بإشراف أى هيئة أو جهاز من أجهزة الدولة على أموال أو تبرعات أو مشروعات الكنيسة القبطية الخدمية".. وأكد أن تمرير مثل هذا الاقتراح والموافقة عليه ليس له معنى سوى أن هناك اضطهادًا واضحًا للأقباط، مضيفًا أن هذا المقترح مرفوض ولن تقبل به الكنيسة تحت أى ظرف.. وتساءل باخوميوس: هل من المنطقى أن آخذ إذن الجهاز المركزى للمحاسبات فى موازنة الطعام الخاص بالرهبان فى الأديرة، وفى رسامة القساوسة، وفى المشروعات الخدمية التى تقوم بها الكنيسة من عشور الأقباط، مَن يقبل بهذا؟ وفيما يتعلق بمناقشة مقترح إضافة مادة خاصة بالزكاة إلى الدستور الجديد، فهناك ممثلون للكنيسة يعرضون رأيها فى هذه المادة وسيكون لنا رأى فى هذا الشأن من خلال اللجنة التى شكلتها الكنيسة لمناقشة هذه الاقتراحات. جدير بالذكر أن مصادر تمويل الكنيسة عديدة تتجاوز العشور والنذور، حيث يتبرع أقباط المهجر بحوالى مليار دولار سنويًا للكنيسة، ولا تقتصر ممتلكات الكنيسة على الأديرة والكنائس فحسب؛ فهناك العقارات التى تؤجرها الكنائس، والأراضى الزراعية التى تمتلكها بجوار الأديرة، ومئات المستشفيات والمدارس، بخلاف المشروعات الاقتصادية الضخمة التى تشارك فيها قيادات الكنيسة.
