أثار الاتجاه للإبقاء على المشير محمد حسين طنطاوى كوزير للدفاع فى الحكومة الجديدة، اعتراضات بين القوى الثورية التي اعتبرت بقاءه "استمرارًا لحكم العسكر"، بينما فضلت القوى الإسلامية تجنب التصادم وذلك لتفادى إدخال البلاد فى أتون أزمة جديدة، لتحقيق الاستقرار بالبلاد. وقال أحمد ماهر المنسق العام لحركة "6 إبريل": استمرار طنطاوى فى منصبه فى التشكيل الوزارى الجديد ما هو إلا "استمرار لحكم العسكر"، واعتبر أن ذلك سيكون خطأ فادحًا ل "الإخوان المسلمين"، لأنه اختيار لن يرضى أغلب القوى السياسية بشكل عام، وسيؤدى ذلك إلى زيادة الفجوة بينهم. واعتبر معاذ عبد الكريم عضو ائتلاف شباب الثورة، أن بقاء "طنطاوى" فى منصبه يؤكد استمرار موازين القوى التى كانت تحكم البلاد فى الفترة الانتقالية، وأن السلطة لم تنتقل بشكل كامل، مشيرًا إلى أنه مازال هناك موازنات تجرى فى إدارة الدولة بسبب عدم خضوع كل المؤسسات إلى السلطة المنتخبة، والدليل على ذلك الإشكالية القائمة الآن بين الدكتور مرسى والمجلس العسكرى حول تشكيل الوزارات السيادية. وأكد حافظ السيد مدير المكتب التنفيذى لمجلس أمناء الثورة، أنه من حق المجلس العسكرى ترشيح وزير الدفاع طبقًا للإعلان الدستور المكمل وهو ما سينصاع له الدكتور محمد مرسى فى الغالب، واعتبر أن هناك تحديات سوف يواجهها مرسى حول تشكيل الوزارات السيادية ومن بينها وزارة الإعلام، مشيرًا إلى أنه إذا لم يحكم رئيس الجمهورية قبضته على هذه الوزارة فسوف يفقد كثيرًا جدًا من فرص نجاحه لأن الإعلام هو الذى يقوم بتوصيل نجاحاته إلى الشارع المصرى. فى المقابل، اعتبر صابر أبو الفتوح القيادى الإخوانى، أن بقاء المشير محمد حسين طنطاوى فى منصبة كان الرأى الأرجح بين القوى السياسية لعدم ترشح أى من القادة لهذا المنصب سواء من داخل الجيش أو من خارجه. ورأى أنه سواء تم ترشيح المشير أو غيره للمنصب فلن يكون هناك أى تصادمن، مشيرًا إلى أن الوطن يحتاج إلى الاستقرار فى الفترة المقبلة ولا يتحمل أى تصادم بين المؤسسات. وأوضح أن الإعلان الدستور المكمل حرم الرئيس من ترشيح أى قادة فى الجيش لكن الوضع سيتغير فى الدستور الجديد. وقال عمرو فاروق المتحدث باسم حزب "الوسط"، إنه تم بالفعل الاتفاق مع الرئيس خلال لقائه الأخير مع طنطاوى على الإبقاء عليه وأنه لا مجال للتصادم، وتابع: الإعلان الدستورى المكمل يعطى الحق للمجلس العسكرى تعيين من يحلوا له كوزير للدفاع على الرغم من أن الجيش المصرى مليء بالكافات والقيادات القادرة على تحمل المسئولية. وقال المستشار بهاء أبو شقة نائب رئيس حزب "الوفد": "ليس هناك أى إشكالية من استمرار المشير فى منصبة، لكن الإشكالية فى عدم قدرة الرئيس على ترشيح قيادات من الجيش فى أى مناصب طبقًا للإعلان الدستورى المكمل، مؤكدًا أن وضع الجيش تم مناقشته فى الدستور الجديد، وأنه سيتم مراعاة عدة نقاط فيه مثل حركة التنقلات الكبرى وغيرها.