قال موقع "هايسه" الألماني إن مصر تواجه مشكلة كبيرة في مواردها المائية، والتي لا تتمثل في بناء سد النهضة العملاق وحسب، بل في عدم كفاءتها في استغلال مواردها المائية، رغم توافر العديد من المصادر الأخرى خلاف نهر النيل إلا أنه يغطي 95% من حاجة مصر من الماء، وأشار الموقع إلي أن مصر ستتفادى ضرر سد النهضة إذا ما استطاعت إدارة مواردها المائية بشكل صحيح. في حين أن الحكومة عاجزة عن مكافحة المشكلات التي تواجهها مثل نقص عدد وحدات السكن والتفرقة الاجتماعية والعجز في توفير وسائل المواصلات العامة، الأمر الذي يجعلها تواجه نقدًا قاسيًا، تتهم أيضًا بعد الاستغلال موارد المياه بشكل صحيح. فيغطي كل من تحليه مياه البحر والمياه الجوفية والأمطار 5% فقط من حاجة مصر من المياه، ويقدم النيل باقي ال95% المتبقية، وبالرغم من الاستثمار في مشاريع ومحطات تحليه مياه البحر والتفكير في الاستثمار في استغلال المياه الجوفية، إلا أن الحكومة لا تستطيع ألا تعتمد على النيل في سد حاجاتها من المياه. وتتمتع مصر باحتياطات ضخمة من المياه الجوفية، إلا أن استغلالها يعد معقدًا بدرجة كبيرة ومحل نزاع كبيرة، إلا أنه على الأقل يعد يعتبر مخزنا استراتيجيًا، إذ أن نظام حجر النوبة الرملي، والذي يمتد ليبيا ومصر والسودان، يعتبر مصدرًا للمياه ولكن غير متجدد. وبالرغم من أن ليبيا بدأت في استغلال المياه الجوفية منذ الثمانينيات واستطاعت توفير المياه بنسبة تقدر بحوالي 70% لسكانها المقدر عددهم بسبعة ملايين نسمة، إلا أن استغلال المياه الجوفية في مصر بتلك النسبة الكبيرة في مصر كخاطرة كبيرة نتيجة لتنوع أوجه احتياجات البلاد من المياه وأيضًا ستكون المياه الجوفية حلا قصير المدي. وبالرغم من أن الدول الأربعة وقعت اتفاقا إطاريا عام 2013 حول الاستغلال المشترك لمصدر للمخزون، إلا أن المتحدث باسم وزارة الخارجية المصرية، أحمد أبو زيد، أكد أن الحكومة المصرية ستتعامل بحذر مع احتياطاتها في "حجر النوبة الرملي". ولكن الأهم من كل هذا هو إيجاد حل سريع للصراع القائم حول سد النهضة في إثيوبيا، والذي يهدد بحصر إمداد مصر بالمياه لمدة زمنية قد تقدر بسنوات، وبذلك ستزداد الجهود من أجل الاستغلال مصادر مصر من الماء بكفاءة وفاعلية. ويتمحور النقد الموجه للحكومة في افتقارها الكفاءة لاستغلال المياه، وكمية هدر المياه من خلال التسريب والتبخر لها نتيجة لاعتماد النظام الزراعي في مصر على نظام الغمر بالماء أو الري السطحي، وأيضًا تنتقد الحكومة نتيجة لجهودها المحدودة لتجديد نظام الري والصرف الصحي المتهالك وزيادة الطاقة الاستيعابية لمشاريع تنقية مياه الصرف الصحي. وفي السياق يقول ممثلات منظمة المساعدات الدولية إن الأمر الإشكالي في هذا النظام هو عودة تدفق المياه الملوثة من خلال الاستخدام المكثف للأسمدة إلى قنوات الري، خاصة أنه لا يوجد محطات تنقية لكل الأراضي الزراعية، وعلى المدى الطويل لن يضر ذلك بجودة المياه فحسب بل سيضر أيضًا بجودة المنتجات الزراعية.