فاقم إعلان الفريق سامي عنان، رئيس أركان حرب القوات المسلحة، الخلافات داخل معسكر المعارضة في تركيا وقطر، حيث تباينت ردود الأفعال بين رافض لهذا الترشيح بالكلية، بزعم أن مصر لها رئيس لم يتنح ولم يتنازل عن السلطة وبين تيار أخر يري ضرورة دعم عنان نكاية فى النظام وآخرون فضلوا الصمت انتظار لتطورات في المشهد السياسي. وزاد البيان الذي أصدره يوسف ندا، عضو التنظيم الدولي لجماعة الإخوان المسلمين، والذي وضع شروطا لدعم الفريق سامي عنان، ليزيد من حدة الخلافات حيث اعتبره فريق من المتحفظين على ترشيح عنان خطوة غير موفقة بل ووصفه بأنه خنجر وضعه ندا في صدر عنان خدمة للسيسي. ورفض المهندس عاصم عبدالماجد، عضو مجلس شوري الجماعة الإسلامية ،بيان ندا قائلا: "المعركة الفعلية بين عنان والسيسي ليست على أصوات الناخبين، بل على مراكز القوى الخفية داخل الدولة العميقة". ومضي في تدوينة له علي شبكة التواصل الاجتماعي "فيس بوك ": "وبالتالي يكون بيان الأستاذ يوسف ندا وكراسة الشروط التي وضعها لدعم الإخوان لعنان هي ضربة موجعة لعنان وخنجر وضعه الأستاذ يوسف في يد السيسي ليمزق به سمعة عنان وفرصته لاستمالة الدولة العميقة الكارهة للإخوان والرافضة لعودة مرسي ولو شكليا". وتابع عبدالماجد "الإخوان تركوا هذه المصيبة وأمسكوا في ثياب من انتقد بيان الأستاذ يوسف ندا"، متسائلا "ماذا نصنع معكم..تعبنا وتعبت مصر والله من كثرة أخطائكم". بدوره قال القيادي الإخواني السابق المهندس محيي عيسي إن ترشيح عنان : "ضوء في نهاية النفق، لاسيما بعد اختياره لكل من المستشار هشام جنينة وحازم حسني نائبين". فيما رأى مقدم البرامج علي فضائية الشرق المعارضة هيثم أبو خليل، أن فكرة تأييد عنان هي محاولة لوقف نزيف الدماء وإيجاد تسوية لمشاكل آلاف المعتقلين. في سياق معاكس رفض المستشار وليد شرابي مؤسس جبهة "قضاة من أجل مصر"، ترشيح الفريق سامي عنان، مؤكدا أن الأخير لا يختلف كثيرا عن القائمين بالحكم حاليا فهم من مدرسة واحدة وبالتالي فلا يجب الرهان على أحدهما. وشاطرته القول الإعلامية آيات العربي التي شنت هجوما شرسا على ترشيح عنان مطالبة بضرورة مقاطعة الانتخابات التي لا هدف إلا إسباغ الشرعية على ما جرى في مصر بعد الثالث من يوليو. فيما رأت مها عزام رئيس ما يسمى ب"المجلس الثوري" ظهور عنان على الساحة في هذا الوقت دليل على وجود تأييد له تأييد من شريحة من الدولة العميقة ورجال الأعمال للحفاظ على مصالحهم فضلا عن إسباغ الشرعية عما يجري في مصر منذ الثالث من يوليو. واعتبرت أن قبول مرشح رئاسي في هذا الوقت، بغض النظر عن شخصه، ليس إلا مساهمة في منافسة سياسية بين أطراف مختلفة مما أسمته أعداء الشعب متسائلة لماذا لا نتركهم يتنافسوا فيما بينهم ونعد العدة للتغيير الحقيقي.