بالرغم من قرار عودة أسيوط على الخريطة السياحية وذلك في عهد اللواء البرعي المحافظ السابق، إلا أن وزارتي "الآثار"، و"الأوقاف" تسببا في غلق تلك المعالم بالضبة والمفتاح، وأصبح القرار حبيس الأدراج في عهد المهندس ياسر الدسوقي الذي تهاون كثيرًا في الاهتمام والمتابعة وترميم تلك المساجد التي تعد من أهم معالم الآثار الإسلامية بالمحافظة فلا تزال سلوكيات المواطن المصري بعد الثورة تحتاج إلى ثورة تصحيح جديدة لتواكب المرحلة المقبلة وسط غياب رقابة وزارة الأوقاف والآثار لوجود بعد المواطنين الذين يتلاعبون بممتلكات الدولة متمثلاً في إهدار أقدم مسجدين أثريين "المجاهدين، الكاشف"، فلقد كان للمساجد قبل قيام ثورة 1952 دور كبير في بناء المجتمع حيث كان يتدارس فيه جميع الأمور الدنيوية فكان يلعب دورًا مهمًا في "تحفيظ القرآن، كفالة اليتيم، زواج الأيتام من المسلمين، وتعليم أمور الفقه والتجويد والحديث". والرئيس الراحل جمال عبد الناصر ألقي خطابه الشهير عن خوضه لتحرير البلاد من منصة الأزهر لما أحثه من أهمية هذا المسجد التاريخي ولكن الإهمال ساد حاليًا معظم المساجد خاصة المساجد الأثرية والقصور الواضح من قبل هيئة الأوقاف. "المصريون" تجولت داخل المحافظة وتناولت أهم مسجدين أثريين داخل المدينة وهما "مسجد الكاشف، مسجد المجاهدين" اللذان لحق بهما أضرار وإهمال جسيم علمًا بأن للمسجدين وقف كبير من أراضٍ وأطيان يصرف من خلالها على الترميم والصيانة ولكن الآن لم يتم حصر هذه الأراضي من قبل هيئة الأوقاف. فيعتبر مسجد المجاهدين من أقدم المساجد التاريخية الإسلامية بمحافظة أسيوط حيث بناه اللواء السلطاني محمد بك الأمير في عام 1120ه وكان أحد أمراء الألوية من قبل الدولة العثمانية وهو من المساجد المعلقة حيث أقيم على ربوه مرتفعة، المدخل الرئيسي في الجهة كما يعلو عند الباب النص التأسيسي في المسجد الذي يحتوي علي كتابات عربية تتضمن أسم المنشأ وتاريخ الإنشاء وبعض الأدعية، كما يوجد بالمسجد محراب عبارة عن قبة نصف دائرية من الرخام ويزخرف طبقة المحراب. وأهم ما يميز هذا المسجد "المئذنة" التي تعتبر من أعلى مآذن الصعيد ارتفاعًا وهى من المآذن الممشوقة معماريًا. ولكن تهدم معظم المسجد القديم ولم يبق منه غير مدخله المبنى من الطوب. ومبنى المئذنة مكون من أربعة طوابق وهو خارج عن سمت المسجد . كما تسود حاله من الاستياء للأهالي من الإهمال الجسيم الذي لاحق بالمسجد من شروخ وغياب هيئة الأوقاف من الإشراف على الترميم والصيانة داخل المسجد علمًا بأن هناك وقف أوقفه السلطاني صاحب الإنشاء للمسجد ولكن مع مرور الزمن ضاع الوقف الذي لم تعرف طريقه وزارة الأوقاف، وقامت الآثار بالتنسيق مع الأوقاف بغلق المسجد بالضبة والمفتاح وسعي المواطنين في فتحه ولكن جميع المحاولات باءت بالفشل. أما المسجد الثاني وهو مسجد الكاشف الذي مغلق حاليا ومهدد بالانهيار الذي بناه الأمير محمد الكاشف الذي كان يشغل حاكم أسيوط وكاشف الوادي في عام 1811 ويعد هذا المسجد من أقدم المساجد وأهم ما يميزه المحراب القيشاني الذي يحمل معظم الفن الإسلامي العثماني . كما يحتوي المسجد علي شجره السرو وزهرة القرنفل وزهرة اللاه. ويتوسط المحراب جدار القبلة وحامية المحراب مجوفة وبصحن المسجد توجد دكة المبلغ وهى مقصورة خشبية وتستخدم أيضًا لصلاة الحريم ويغطي المسجد سقف خشبي مزخرف بزخارف بسيطة يتوسط السقف قبة خشبية لطيفة تعلو شخشيخة الإضاءة والتهوية به مئذنة مكونة من ثلاث طوابق وهي من الطوب الأحمر ومزخرفة ويعلو قائم ينتهي بشكل هلال وقد ألحقت بواجهة المسجد الجنوبية الشرقية.
ويشهد هذا المسجد حاليًا الإهمال الشديد لتخلي هيئة الأوقاف عن إدارته فقبل الثورة تم إغلاق المسجد لأنه مهدد بالانهيار لكثرة الشروخ بداخله وإبلاغ مجلس المدينة والمحافظة لاحتوائه علي مئذنة مرموقة وعالية مهدده بالانهيار إلا أن جاءت الثورة وقام الأهالي باقتحام المسجد وتغيير الأقفال وإلا الآن مازالت المشكلة قائمة بامتناع الأوقاف عن ترميم المسجد علمًا بأن وزارة الآثار معنية بالإشراف فقط.
