حمّل مدير مركز ابن خلدون للدراسات السياسية والاستراتيجية الدكتور سعد الدين إبراهيم المجلس العسكري مسئولية أزمة التمويل الأجنبي للمنظمات المدنية ، مشيرا الى أن المتهمين في القضية سيتم تبرأتهم من كل التهم الموجهة اليهم. وقال إبراهيم ، في لقاء تلفزيوني عبر قناة "صدى البلد" ، ان المجلس العسكري حينما وجد صعوبات في مواجهة التحديات والمشاكل بحث عن كبش فداء ، وكان كبش الفداء الأخيرة هو المنظمات الأجنبية ثم المنظمات الأهلية ". وأشار الى أن الأموال التي تتلقاها منظمات المجتمع المدني تدخل بشكل شرعي الى البلاد عن طريق البنك المركزي ، مضيفا أن الرأي العام تم تضليله ليصب نقمته على المنظمات المدنية التي هي كباش فداء . وأوضح أن الحكومة المصرية أكبر متلقي للأموال من الخارج ، في حين أن الأموال التي تتلقاها منظمات المجتمع المدني تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات ، وزارة الخارجية ومصلحة الضرئب والجمعية العمومية الخاصة بكل جمعية ، بينما تتلقى الحكومة الأموال من الخارج ولا يراقبها احد ، حيث تلقت المؤسسة العسكرية منذ عام 2000 ، مساعدات عسكرية بقيمة 100 مليار دولار . وقال أن المنظمات الأمريكية المدنية في مصر هي امتداد لفكري الحزب الجمهوري والحزب الديمقراطي ، الذين يقومون على نشر قيم الحزب في الداخل والخارج. وكشف ان مركز ابن خلدون اكبر متلقي للمنح والإعانات من الخارج ، لأن هذا عرف عالمي ، ويخضع للرقابة وللتفتيش وانه مستهدف من قبل الأجهزة الرقابية . وحول ردود الفعل الأمريكية بعد إثارة قضية التمويل الأجنبي ، قال : " أن الكونجرس غضب من ذلك التصرف، لأن مصر تتلقى مساعدات منذ زمن طويل ، والبعض اعتبره تصرف عدائي وغير ودي ". وأضاف أن المجلس العسكري هو الذي سمح للمتهمين الأمريكيين في قضية التمويل الأجنبي بالسفر للخارج ، لأن المجلس "اراد ان يلم الدور" ، بعد تهديده بقطع المعونة العسكرية . واكد أن النظام الحاكم في مصر اهتز بعد الإفراج عن الأمريكيين في قضية التمويل. وأشار الى منظمات المجتمع المدني في مصر تتلقى 40 مليون دولار من الخارج ، منتقدا عدم الحديث عن الأموال التي تأتي من السعودية ودول الخليج ، معتبرا ذلك تضليل للرأي العام . واستنكر الدكتور ابراهيم بشدة الاتهامات الموجهة لمنظمات المجتمع المدني الأجنبية في مصر بالسعي لتقسيم البلاد ، متسائلا هل تستطيع اي جهة ان تقسم دول عمرها أكثر من ستة آلاف سنة ؟ ، معتبرا أن المنظمات الأجنبية المدنية تعمل في مصر من أجل قيمة الديمقراطية . ونفى امكانية تأثر العلاقات بين مصروأمريكا بسبب قضية التمويل الأجنبي ، لأن العلاقات الدولية تحكمها دائما المصالح ، مضيفا أن ما حصل بين القاهرة وواشنطن ، هو مجرد فتور في العلاقة يعقبه تحسن .