رغم التأييد الإخواني لتركيا ورئيسها رجب طيب أردوغان قلبًا وقالبًا، على مدار الثلاث سنوات الماضية، إلا أن بعض أفراد الجماعة وتحديدًا المحسوبين عليها، أبدوا تحفظهم على بعض سياساتها لا سيما فيما يتعلق بأمر الإعدامات، واعتبار المؤسسات التعليمة ل "فتح الله جولن" إرهابية. سامي كمال الدين، أحد الإعلاميين المقيمين في تركيا، قال إنه يرفض الإعدامات السياسية في تركيا، وفي أي دولة في العالم، مضيفا: "أرفض أن يتم الإعدام لأسباب سياسية"، رغم تأييدي لأردوغان ودفاعي عنه وعن الشرعية في تركيا. وناشط آخر يقول على صفحته، إنه "يتفق مع الرئيس أردوغان في إغلاق أي مؤسسة تعليمية تابعة لفتح الله جولن -الداعية الهارب إلى واشنطن والمتهم بتدبير أمر انقلاب تركيا - لكني لا أتفق معه في وصفها بالإرهابية". وفي هذا الشأن يؤكد الدكتور عز الكومي، القيادي بجماعة الإخوان المسلمين، أن الجماعة لا تتدخل فى الشؤون الداخلية للدول سواء تركيا أو غيرها، موضحًا أنها دولة مؤسسات فمثلا إعلان حالة الطوارئ تم من خلال البرلمان وكذلك عودة عقوبة الإعدام لن يتم إلا من خلال تصويت البرلمان. أما قضية فتح الله جولن فقال الكومي ل"المصريون"، إن "هذه قضية تخص الشأن التركى، وإذا ثبت تورطه فى المحاولة الانقلابية الفاشلة من خلال القضاء التركى، فالحكومة التركية هى المعنية بوصمها جماعة إرهابية أو ليست كذلك". في هذا الإطار يقول أبو بكر أبو المجد، الخبير في الشأن التركي، إن بعض أنصار الحريات وحقوق الإنسان يأخذون على أردوغان إعادة أحكام الإعدام الإعدام، أو وصف أعضاء أو مناصري أو طلبة جمعية الخدمة بالإرهابيين". وقال أردوغان في وقت سابق: "إذا أقر البرلمان التركي إعادة حكم الإعدام على من تلوثوا بالتخطيط والتنفيذ لهذا الانقلاب ووافق الشعب فأنا مضطر للقبول بإعادة العمل به". وأوضح أبو المجد في تصريح خاص ل"المصريون"، أن "الانقلاب حدث عارض يستوجب إجراءات عارضة أحيانا أو غالبا يختلف معه أنصار حقوق الإنسان في العالم، مؤكدًا أن استخدام مصطلح سياسات خاطئة في مواجهة المتهمين في محاولة الانقلاب الفاشلة بتركيا هو خطأ يجب تصحيحه". وتابع: "ما نحن بصدده هي إجراءات وليست سياسات، وقرارات وليست خططًا، وكلها تمت في إطار قانوني ودستوري بمباركة وتأييد مجلس الأمة التركي، وكذلك الأحزاب المعارضة في تركيا"- حسب قوله. وعن وصف جماعة فتح الله جولن بالإرهابية، قال "أنا شخصيا أختلف معه.. فليس كل من تتلمذ في مدارس الخدمة وجامعاتها وانضم لصفوف موظفي البلاد إرهابي". وأشار إلى أنه لا يرى أن أردوغان جاد في القضاء على الخدمة وأتباع جولن بالكلية؛ مستدركا: "لكن الرجل يحتاج لأن يثبت أنه في حالة حرب حقيقية مع الكيان الموازي الذي يقوده جولن"، الذي قال إنه لا يبرئه من هذه التهمة بل يذهب مع أردوغان لأبعد من ذلك بشأن الرجل، وله عليه ألف علامة استفهام- على حد قوله. وتابع: "في النهاية لا يوصم أصحاب الأفكار والعلم من تلامذته بالإرهاب، التعميم هنا خطأ فادح يضر بأمن وسلامة المجتمع التركي وأعتقد أن هذا الإجراء هو أهم ما يختلف الإخوان فيه مع أردوغان". وأردف: "أردوغان يريد الظهور في حالة حرب حقيقية؛ لأنه يريد إعادة هيكلة الجيش، وهو هدف استراتيجي للعدالة والتنمية منذ توليهم شئون البلاد في 2002 وبخاصة أردوغان، ولذلك فهو بحاجة إلى فزاعة مناسبة لتمكينه من اتخاذ إجراءات قوية بهذا الصدد دون حدوث غضب شعبي، وليس أفضل من هذا التوقيت وهذه الفرصة ليحقق هدفه، ولذا لا بد من إطالة أمد صراعه مع جولن وجماعته"- بحسب قوله.