إثر حادث المنشية كانت أولى المحاكمات التي تعرض لها الإخوان، منذ نشأة جماعة الإخوان في 1928، فبين أواخر نوفمبر وأوائل ديسمبر 1954 جرت وقائع أول محاكمة للإخوان عقب تعرض الرئيس عبدالناصر لمحاولة اغتيال في حادث المنشية الشهير بالإسكندرية واتهام الجماعة بالوقوف وراءها. وبدأت القضية في 9-11-1954 بإلقاء القبض على العديد من عناصر جماعة الإخوان، صدر ضدهم جميعا أحكام بالسجن، بدأت من عشر سنوات إلى الأشغال الشاقة المؤبدة، إلا أن أبرز الأحكام كانت الإعدام بحق 7 من قيادات الجماعة؛ هم: محمود عبداللطيف، يوسف طلعت، إبراهيم الطيب، هنداوى دوير، محمد فرغلى، عبدالقادر عودة، المرشد العام وقتها حسن الهضيبى الذي خفف عنه الحكم لاحقا إلى الأشغال الشاقة المؤبدة، ونظرت القضية أمام ما سمى آنذاك بمحكمة الشعب ذات الطبيعة العسكرية برئاسة صلاح سالم وعضوية كل من حسين الشافعى وأنور السادات. وأصدرت أحكامها «زي النهارده» في 4 ديسمبر 1954 أي بعد أقل من شهر على بدء القضية، التي نال فيها محمد مهدى عاكف المرشد العام السابق للجماعة حكما بالسجن المؤبد مع الأشغال الشاقة، قضى منها 20 عاما، قبل أن يتم الإفراج عنه عام 1974 في عهد الرئيس السادات، ولم تكن هذه هي المحاكمة الوحيدة التي تعرض لها الإخوان في عهد عبدالناصر، إنما كانت هناك محاكمة أخرى جرت وقائعها في عام 1965والتى اتهم فيها مئات الإخوان بمحاولة إعادة إحياء التنظيم، وكان في مقدمتهم المفكر الإسلامى الشهير سيد قطب الذي حكم عليه بالإعدام، هو ويوسف هواش وعبدالفتاح إسماعيل، وتم تنفيذ الحكم بحقهم الصادر من محكمة عسكرية عام 1966، كما حكم بالإعدام على سبعة آخرين خفف عنهم الحكم إلى المؤبد، كما صدرت أحكام بحق باقى المتهمين، بدأت من عشر سنوات حتى الأشغال الشاقة المؤبدة. غير أن نشاط الجماعة الذي اختلطت فيه الدعوة بالسياسة قد دفع بعدد من قياداتهم وكوادرهم المهمين إلى السجون حتى قبل عهد عبدالناصر، منذ محاولة دخول البنا البرلمان، مرورا بمشاركتهم في حرب فلسطين ومن بعدها الاغتيالات التي قام بها نظامهم السرى كاغتيال الخازندار والنقراشى، أما في عهد الرئيس السادات فقد كان هناك ما يصفه الخبراء ب«شهر عسل» بين الإخوان والنظام، غير أن الملاحقات والمحاكمات تجددت وتعددت بدءا من عام 1995.
