تسبب النظام الذي ستجرى به انتخابات مجلس الشعب المقبلة، في خلافات بين حزبي الحرية والعدالة، والنور، بعدما انضم «النور» إلى الأحزاب الليبرالية في طلبهم بإجراء الانتخابات بنظام القائمة فقط. وقال الدكتور يونس مخيون، عضو الجمعية التأسيسية، عضو الهيئة العليا لحزب النور، إن غالبية الأحزاب والقوى السياسية اتفقت مع حزب النور في إجراء الانتخابات بنظام القائمة، ورفضت الأحزاب طلب «الحرية والعدالة» بإجراء الانتخابات بالنظام الفردي. وبرر «مخيون» تمسك «الحرية والعدالة» بالنظام الفردي بقدرته على حشد الناخبين حول مرشح الحزب، خاصة في جولة الإعادة، مؤكدا أن نظام القائمة سيقضي على الرشاوى الانتخابية، وسيجعل الناخبين يصوتون على أساس برنامج الحزب، وسيسمح للمستقلين بخوض الانتخابات تحت قائمة واحدة. وأكد أن حزبه سيخوض الانتخابات بقائمة مستقلة عن حزب الحرية والعدالة قائلا: «لن نتحالف مع الإخوان، وقد نتحالف فقط مع الأحزاب السلفية التي تتفق مع برنامج حزب النور». على الجانب الآخر، قال محمد عبدالله سياف، مسؤول المكتب الإداري لإخوان بني سويف، إن الجماعة لن تدخل في أي تحالفات انتخابية في الفترة المقبلة، وستسعى إلى خوض الانتخابات منفردة بعيدا عن الأحزاب الإسلامية أو الليبرالية. وأشار إلى أن حزب «الحرية والعدالة» لم يستقر بشكل نهائي على قانون الانتخابات المزمع تبنيه في الانتخابات المقبلة، وأن هناك خلافا ما بين تبني «النظام الفردي»، ونظام ال 50% قائمة، و50% فردي، مؤكدا أن «النظام الثاني هو الأفضل في ظل ضعف الحياة السياسية حاليا»، بحسب قوله.