واجهت بعض الأحزاب العديد من المشاكل خلال تقديم أوراق وقوائم المرشحين، مما أدى إلى انسحاب البعض قبل تقديم الأوراق بساعات قليلة، فالعمال كان يواجههم عائق اتحاد العمال المستقل، والفلاحون واجهتهم مشكلة الجمعيات التعاونية الزراعية، أما القوائم فهى مشكلة أخرى فى كيفية ترتيبها، بالإضافة إلى الأوراق التى لم تستكمل من قبل المرشحين، ومشاكل أخرى نتعرف عليها من أعضاء بعض الأحزاب. يقول أستاذ عبد المولى إسماعيل - عضو بحزب التحالف الديمقراطى، إن هناك العديد من المشاكل وجاهتنا قبل وأثناء تقديم أوراق وقوائم المرشحين، فمنها مشاكل تتعلق بالأوراق التى يتم تقديمها، بالإضافة إلى أن التعليمات لم تكن واضحة لرئيس اللجان، مشيراً إلى أن أكبر مشكلة واجهتهم هى إثبات صفة العمالية، خاصة أن رؤساء اللجان لم يعترفوا بالعمال إلا المقيدين فى اتحاد العمال المستقل، برغم صدور قرار من وزير القوة العاملة بالاعتراف الرسمى باتحاد العمال المستقل، فبعض رؤساء اللجان لم يعترفوا بالعمال إلا المقيدين بالاتحاد، وبعض اللجان لم تعترف بالمشكلة الحقيقية المتعلقة بالتزوير وإثبات صفة الفلاحين والعمال. وأضاف عبد المولى، أن الجمعيات التعاونية الزراعية يسيطر عليها عناصر من الحزب الوطنى، وبالتالى إثبات صفة الفلاح هى التى تقرر من يأخذها وتم استبعاد بعض المرشحين بهيئة الفلاحين لمرشحين آخرين من أتباعهم، مؤكداً أن اللجنة الانتخابية لا تقبل أى عامل لم يكن مقيد باتحاد العمال الرسمى وأى عامل آخر لا يعترف به كعامل، وأن هناك العديد من العمال ليس لهم تأمينات، فمنهم عمال يومية. وأشار عبد المولى إلى أن شخصاً كان يتولى رئاسة نقابة عمالية وتم استبعاده، لأنه لم يسجل فى اتحاد العمال الرسمى، أو شخص عضو فى النقابة العمالية لكنه موقوف عن العمل، لأنه شارك فى مظاهرات، فتم رفض أوراقه لأنه موقوف عن العمل، مضيفاً أن هناك تضارباً فى تنفيذ التعليمات من قبل المستشارين فى بعض المحافظات، فمنهم من يقبل صورة من الأوراق الثنائية للمرشحين كقيد العائلة، ومنهم من يرفض القائمة بالكامل لأنها تنقص ورقة، فكان هناك تعسف من قبل بعض المستشارين فى العديد من المحافظات، وكان لابد من وجود مرونة من قبل القضاة. وأضاف عبد المولى، أن هذه المشاكل لم نرها عند تقديم الإخوان لأوراقهم، لافتاً إلى أن محافظات الجيزة والسويس والمنيا من أكثر المحافظات التى كان بها مشاكل. ومن جانبه، قال أحمد خيرى - عضو المكتب السياسى لحزب المصريين الأحرار - إنه لا يعتقد أن المجلس العسكرى والحكومة وضعوا هذه العراقيل لمنع الأحزاب الجديدة من المشاركة فى الانتخابات، لكن قابلتنا كحزب مشاكل كثيرة منها نقص فى أوراق المرشحين، ومشكلة العمال والفلاحين، فمن هو العامل، ومن هو الفلاح، فالأمور لم تكن واضحة، ولكن هذا لا يعنى أن هناك أى تعنت، فالأوراق التى يجب أن تقدم معروفة، ولأننا حزب جديد فلم يكن لدينا الخبرة الكافية لمعالجة مثل هذه الأمور، وكان هناك بعض المرونة من قبل القضاة خاص ان هذه الانتخابات أول انتخابات بعد الثورة، والبعض الآخر كان ينفذ القانون بكل تفاصيله ولا يمكن اللوم عليه، وهذا لا يعنى وجود أى تعنت من قبل الحكومة على المرشحين والأحزاب. ويقول محمد البعلى عضو حزب المصرى الديمقراطى، كان بالفعل هناك بعض المشاكل ولكن مشاكل تخص فريق العمل، خاصة أن هذه الانتخابات هى أول انتخابات يشارك فيها الحزب، وكانت المشكل تكمن فى استكمال أوراق القوائم الانتخابية، بالإضافة إلى أن اللجنة العليا للانتخابات رفضت أى مرشح من العمال لم ينتمِ للجان النقابات المستقلة، كجهة لإصدار النقابات العمالية، مما أدى إلى انسحاب بعض المرشحين فى الساعات الأخيرة، بالإضافة إلى المشاكل التى أدت إلى انسحاب البعض لرفضهم ترتيبهم داخل القوائم الانتخابية. وأكد البعلى، أنه بالتأكيد لم يكن هناك تعنت من قبل الحكومة ضد الأحزاب الجديدة، ولكن التشدد كان يعانى منه جميع الأحزاب، خاصة فى بعض الأمور التى تخص العمال، لأن القانون ينص على أحقية العامل فى الانتخابات إذا كان عضواً فى النقابة العمالية، لكن اللجنة العليا للانتخابات كانت تشترط أن يكون العامل عضواً فى اتحاد العمال المستقل، فكان هناك بعض التشدد فى تطبيق القانون، وهذا لا يعنى أنهم يخالفون القانون، بالإضافة إلى مشكلة ترتيب القوائم، لافتاً أن محافظات الدلتا كانت من أكثر المحافظات التى بها مشاكل بعكس محافظة القاهرة والصعيد.