تعتبر برامج رصد نوعية الموارد المائية من أهم الأسس التي تبنى عليها القرارات السياسية والإدارية الخاصة بتلك الموارد، كما أنها تعتبر من أهم الإجراءات التي تبنى عليها جميع برامج تحسين وتنمية الموارد المائية فى مصر لذا يقوم جهاز شئون البيئة برسم السياسة العامة وإعداد الخطط اللازمة للحفاظ على البيئة وتنميتها بالتنسيق مع الجهات المختصة من خلال حصر المؤسسات والمعاهد الوطنية والكفاءات التي تساهم فى إعداد وتنفيذ برامج المحافظة على البيئة والاستفادة منها فى إعداد وتنفيذ المشروعات والدراسات. جمع المعلومات القومية والدولية الخاصة بالوضع البيئي والتغييرات التي تطرأ عليه بصفة دورية بالتعاون مع مراكز المعلومات فى الجهات الأخرى وتقويمها واستخدامها فى الإدارة والتخطيط البيئي ونشرها وذلك استنادا على ما جاء بالمادة رقم 5 من القانون رقم 4 لسنة 1994 والمعدل بالقانون رقم 9 لسنة 2009. واستنادا إلى بعض المواد الواردة بقانون 48 لسنة 1982 التي تعطى الحق لبعض الوزارات فى مراقبة نوعية المياه واخذ العينات بصفة دورية وتحليلها للتأكد من تحقيق الضوابط والمعايير الواردة باللائحة التنفيذية بالقانون ، وكذلك إتاحة تلك البيانات للجهات المعنية لاتخاذ الإجراءات التصحيحية فى حالة مخالفة نتائج الرصد للمعايير. من هذا المنطلق تتم عملية تبادل بيانات رصد نوعية الموارد المائية فى مصر بين كلاً من " وزارة الموارد المائية والري متمثلة فى المعاهد البحثية المتخصصة ووزارة الصحة متمثلة فى مركز الرصد البيئي ودراسات بيئة العمل ووزارة الدولة لشئون البيئة متمثلة فى جهاز شئون البيئة " الذي أصبح ضرورة ملحة فى ظل التطورات التي تحدث بسرعة كبيرة فى مجال التنمية الصناعية وتنوع المخلفات التي تنتج من استحداث صناعات جديدة. يتم رصد نوعية مياه نهر النيل من خلال: شبكة وزارة الدولة لشئون البيئة وتشمل 69 موقع رصد على طول مجرى نهر النيل وتختص برصد تأثير مصادر الصرف المختلفة خاصة الصرف الصناعي على المجارى المائية وكذلك رصد النقاط الساخنة على المصارف حيث يقوم على تنفيذ هذا البرنامج كل من المعمل المركزي لجهاز شئون البيئة و معامل الفروع الإقليمية التابعة له. شبكة وزارة الموارد المائية والري وتشمل 232 موقع رصد تشمل بحيرة ناصر ونهر النيل بفرعيه والرياحات والترع الرئيسية والمصارف الزراعية بأقاليم مصر العليا والوسطى والفيوم والدلتا بالإضافة إلى 203 نقطة مراقبة للمياه الجوفية بالخزانات المختلفة موزعة على مناطق الجمهورية حيث يقوم بتنفيذ برنامج الرصد الدوري المركز القومي لبحوث المياه بوزارة الموارد المائية والري من خلال المعاهد المتخصصة التابعة للمركز. شبكة وزارة الصحة وتشمل 169 موقع لرصد مياه نهر النيل وفرعية وبعض الترع الرئيسية وتعتني بصفة خاصة بمأخذ محطات مياه الشرب و ينفذ هذا البرنامج مركز الرصد البيئي ودراسات بيئة العمل. كما يتم رصد نوعية المياه الساحلية فى مصر من خلال: معهد علوم البحار والمصايد حيث يقوم بتنفيذ أربع رحلات حقلية خلال العام لرصد نوعية المياه بسواحل البحر الأحمر وخليجي السويس والعقبة بصفة موسمية فى 22 محطة رصد تغطى كافة الأنشطة السكانية والتنموية بواقع 8 محطات على ساحل البحر الأحمر و8 محطات على خليج السويس و6 محطات على خليج العقبة. كما يقوم معهد الدراسات العليا والبحوث بجامعة الإسكندرية بإجراء عمليات الرصد الخاص بنوعية مياه البحر المتوسط و ذلك بأخذ عينات المياه لعدد 30 موقع تغطى كافة الأنشطة المؤثرة من مناطق التجمعات السكنية والموانئ الصناعية والقرى السياحية.