يدور نزاع كبير بين الطريقة الرفاعية والحكومة ممثلة في آثار السلطان حسن، التي قررت طرد الطريقة من مقرها الذي كانت تشغله منذ أيام الملكية. وكان مدير آثار منطقة السلطان حسن، أقام دعوى أمام محكمة جنح زينهم، فيما ناشد الشيخ طارق ياسين الرفاعى ممثلا عن الطريقة الرفاعية الحكومة عدم طرد الطريقة من مقرها. وناشد د. عبدالله الناصر حلمى، أمين عام اتحاد القوى الصوفية رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء وكلا من المجلس الأعلى للطرق الصوفية، ومشايخ الطرق الصوفية، بمساندة الطريقة الرفاعية في قضيتها للحفاظ على مقرها بجامع شيخها ومؤسس طريقتها الذي يحاول مسئول بالآثار أن ينتزعه. وأكد اتحاد القوى الصوفية في بيان له اليوم، أن الطريقة الرفاعية هم أشد الناس حرصا على هذا الأثر الروحي والتاريخي لهذا الجامع، وحافظت عليه على مر التاريخ منذ إنشائه. وطالب اتحاد القوى الصوفية أبناء ومشايخ الطرق بالوقوف صفا واحدا حتى لا يتم انتزاع مقر مشيخة الطريقة الرفاعية. وقال: إن مجرد غضب الشريف طارق يس شيخ عموم السادة الرفاعية وهو القائد والرمز لكل رفاعى على الأرض، يغضب كل رفاعى وكل صوفي.