يقوم حاليا معهد الاستزراع السمكي بالانتهاء من إعداد مشروع اتفاقية تعاون بين المعهد وجامعة كلية العلوم البحرية والمصايد بجامعة حسن الدين بإندونيسيا، تأتي الاتفاقية كجزء من التعاون المصرى الإندونيسى في مجالات التدريب والدراسات العليا والبحث العلمى وإنتاج الزريعة السمكية.