قال الدكتور القس أندريه زكى، رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر: إنه لا توجد خلافات بين قادة مجلس الكنائس مؤكدًا أن العلاقات جيدة. وأضاف ردًا على ما نشرته جريدة البوابة أن ما حمله عنوان الجريدة أمس «نسعى لإذابة الخلافات بين أقباط مصر» والخاص بمجلس كنائس مصر، لا يقصد به أنه هناك خلافات بين الكنائس المسيحية فى مصر، لكن هناك بعض الاختلافات اللاهوتية لكل كنيسة، وهى ما يسعى المجلس إلى تقريب وجهات نظر الكنائس المختلفة والاتفاق فيما بينهم على الثوابت العقائدية. وأوضح أن مجلس كنائس مصر يقوم بدوره فى حدود الإمكانيات المتوفرة حاليًا، ونحن كرؤساء كنائس نسعى إلى دعم كل الأنشطة التى يقوم بها المجلس حاليًا ومستقبلًا.