أصدر المهندس شريف إسماعيل رئيس مجلس الوزراء، القرار رقم 490 لسنة 2016، بنقل تبعية مستشفى قنا التخصصي، إلى أمانة المراكز الطبية المتخصصة التابعة لديوان عام وزارة الصحة والسكان. كما قرر نقل العاملين في المستشفي بحالاتهم الوظيفية ودرجاتهم المالية، إلى نفس الأمانة.